Tag: Спільнота

  • Training course in single-cell biology

    Training course in single-cell biology

    Single-cell analysis is an extremely powerful tool to discover biological processes due to its high resolution and wide range of possibilities. So we decided to organize a short but in-depth course in this field. We would like to invite you to our practical course in single-cell biology to become familiar with core single-cell analysis methods.
    This course is a series of online events that highlight the theoretical basics of single-cell analysis. The program covers sample preparation, data processing, and workshops on different pipelines, including scRNAseq, scATACseq, TCR/BCR sequencing, CITEseq, and much more.

    Meeting days are:

    • Sunday, 4.04.2021
    • Monday, 5.04.2021
    • Wednesday, 7.04.2021
    • Friday, 9.04.2021
    • Saturday, 10.04.2021

    Each meeting starts at 18.00 CET and will take approximately 2-3 hours. The format of the event is Zoom-meeting with breakout-rooms if needed. All participants will be supplied with individual tasks, study materials, and instructions for hands-on sessions.

    Speakers:

    • Vladyslav Kavaka, MD candidate, LMU Munich
    • Maryna Korshevniuk, PhD Candidate, UMCG
    • Oleksandr Petrenko, Predoctoral Fellow, LBI-RUD / CeMM
    • Yuliya Syntikova, PhD, LifeMine Therapeutics

    Requirements:

    • Basic knowledge in cell and molecular biology;
    • Basic skills in R programming language;
    • No prior knowledge of single-cell analysis is required.

    Language: English

    Registration:
    To register for the course in single-cell biology, please complete the following form: https://forms.gle/H3zXb1ofaSvZ3bKg8
    The deadline for registration is 31.03.2021.
    Detailed programs will be announced one week before the event. All participants will receive the mail with further instructions and study materials.

  • Нетворкінг з NextStep Science

    Нетворкінг з NextStep Science

    Запрошуємо всіх бажаючих до нетворкінгу з учасниками NextStep Science (http://nextstepscience.org/) — громадської організації, що організовує нетворкінг-івенти та кар’єрні заходи для студентів і випускників природничих наук.

    Ми почнемо з невеличкого “квізу” на платформі Sli.do, щоб зрозуміти чим хто займається та які теми цікавлять аудиторію події.
    Потім в ми розділимось на кімнати по 2-3 людини, де у кожного буде 5 хвилин на те щоб поспілкуватись і познайомитися один з одним. Ця процедура буде повторена тричі.
    Після цього ми розділимось на ~2 окремі кімнати, де будемо обговорювати наперед підготовлену організаторами тему.
    А наприкінці події кожен зможе поспілкуватись один з одним в окремих кімнатах.


    👨‍🔬👩‍🔬Це чудова нагода познайомитись із новими людьми, які так само захоплені наукою та технологіями.
    🇬🇧🖖Офіційні мови спілкування: англійська та клінгонська.
    🌎Де: Zoom
    (https://zoom.us/j/94145503186)📅Коли: 7 лютого 2021 о 19:00 (UTC+02)
    Щоб отримати турботливе нагадування, ось подія в ФБ (https://fb.me/e/USSZA6fv).

  • Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.

    Кожен новонароджений має близько ста нових мутацій, з яких приблизно десять — шкідливі.
    ❓Наскільки пристосованість людини через це знижена?
    ❓Чи слід чекати накопичення шкідливих алелів у популяціях, що живуть у шкідливих умовах?
    ❓Чи буде користь від редагування генотипів?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.

    👨‍🏫 Лектор: професор Олексій Кондрашов, Університет Мічигану, США.
    📅 Дата: 11.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення доступні після реєстрації: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZ0kcOmvrz0jG9cww20ZCFtkkCALpKwfTWtT
    Лекція читатиметься російською мовою, та за необхідності організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    Зображення заходу використовує знімок Кліффа з Арлінгтона, штат Вірджинія, США, опублікований під ліцензією Creative Commons Attribution 2.0 Generic (https://www.flickr.com/people/28567825@N03).

  • Біоінформатика: з чого почати

    Біоінформатика: з чого почати

    Мабуть, кожному відомо, що в 21 сторіччі важливі відкриття відбуваються у дисциплінах, які є на межі двох, або більше наук. Прикладом такої є біоінформатика, де біологічні дані обробляються комп’ютерними алгоритмами і дають відповіді на загадки природи. У новачків, що зацікавились біоінформатикою, виникає питання: “А що треба знати, щоб стати біоінформатиком?”
    Саме тому ми вирішили зібрати курси та ресурси, які допоможуть вам на цьому шляху. Напевно, треба починати з розуміння роботи в операційних системах сімейства Linux та програмування на мові R, але не забувайте читати цікаві статті та пробувати використовувати на практиці отримані знання.

    Якщо ви рекомендуєте якийсь курс, напишіть t.me/kazanzhy або залиште коментар в Google-документі. Команда “Геноміка ЮА” буде дуже вдячна за допомогу. Щоб переглянути у більш зручному вигляді перейдіть за посиланням на Google-документ.

    https://docs.google.com/document/d/1XuSB8qApfOfb3625Lhg4C3TzCpsAWtoSwngypjIlYXU/edit?usp=sharing

  • Pandas та ML workshop

    Pandas та ML workshop

    У вересні відбулись два семінара по введенню в машинне навчання від Jenya Sidyakin та про основи бібліотеки Pandas від Dmytro Kazanzhy.

  • Менеджмент біомедичних даних

    Менеджмент біомедичних даних

    Лекція Rostyslav Kuzyakiv (clinical data scientist в Zurich Hospital) про те що як обробляти біомедичні дані.

    Вебінар присвячений biomedical data life cycle management, про те які виклики зараз стоять перед аналітиками біомедичних даних та які є доступні open source рішення.
    Ця тема напряму пов’язана з біологами, медиками та усіма хто залучений у сучасні наукові проєкти. В презентації буде висвітлений досвід роботи у наукових дослідженнях з боку BioMed Data Life Cycle.
    Прикладом для кращого висвітлення теми буде портал Університету Цюриха для Data management, аналізу і візуалізації.
    А наприкінці трохи про самоосвіту в Data management та Bioinformatics data analysis, найпоширеніші інструменти та методики.

    Приємного перегляду!

  • Введення в диференційну експресію генів

    Введення в диференційну експресію генів

    Біоінформатика існує, щоб знаходити відповіді на біологічні питання, котрі неможливо розв’язати лабораторними методами. Одне з таких питань — точне визначення фенотипових різниць у біологічних зразках. Як виокремити пацієнтів, котрим допоможуть нові ліки? Як клітини реагують на подразник або на гормон? Які метаболічні шляхи активуються при загоєнні ран?

    Відповідями на ці питання займається транскриптоміка та її базові методи: Differential Gene Expression та Gene Set Enrichment Analysis. Цими методами ми можемо отримати різницю між обраними фенотипами за результатами їх РНК-секвенування. На лекції ви зможете більше дізнатися про те, як правильно аналізувати дані генної експресії для визначення диференційної експресії.

    Лектор: Олександр Шинкаренко, співзасновник HTuO Biosciences, співзасновник Genomics UA.
    Дата: 26.12.2020
    Час: 20:00 (по Києву)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/83799185308?pwd=RDVYekcyK1paZUpkTkpMRVlqc29odz09)

  • Наша команда взяла участь у Digital Med 2020 — конференції з IT, eHealth та інновацій у сфері охорони здоров’я.👨‍⚕️

    Наша команда взяла участь у Digital Med 2020 — конференції з IT, eHealth та інновацій у сфері охорони здоров’я.👨‍⚕️

    Там ми розповіли аудиторії лікарів та медичних менеджерів про біоінформатику у світі та в Україні. Показали, як біоінформатика використовується у клінічній діагностиці та наукових дослідженнях рідкісних хвороб. 💊

    Надзвичайно приємно бачити, що ця тема привертає все більше інтересу в Україні! Будемо ради використати компетенцію команди ГО “Геноміка ЮА” та залучити нашу спільноту у разі спільних проєктів з медичними установами. 🧪

    Дякуємо учасникам заходу за участь та організаторам за запрошення! 🧬

  • Об’єднання Kyiv Bioinformatics Club та Odesa Bioinformatics Club

    Об’єднання Kyiv Bioinformatics Club та Odesa Bioinformatics Club

    Світ змінюється, а разом з ним змінюємося й ми!

    Ми розпочинали діяльність “Геноміки” ще у 2018-му. Нашим першим заходом був воркшоп з диференційної експресії генів🧬, який в Одесі провела Юлія Ситнікова. Після цього заходу розпочав працювати одеський клуб біоінформатики, а згодом був заснований і київський.

    Аби наші зустрічі були безпечними😷, під час пандемії ми зустрічалися виключно онлайн. Такий формат згуртував нашу спільноту ще сильніше, а також дозволив знайти нових колег, які зараз працюють не в Україні. Ми вирішили сконцентруватися саме на такому форматі й надалі. І хоча ми плануємо робити офлайн зустрічі, коли це буде безпечно, ми вирішили не локалізовувати наші клуби, а розширити географію і бути глобальними!🌍

    Тому відсьогодні ми об’єднуємо проєкти Odesa Bioinforamtics Club та Kyiv Bioinformatics Club у новий — Bioinformatics UA. Подальше спілкування з обох проєктів буде тут: t.me/bioinformaticsua (колишній чат київського клубу).

    Дякуємо, що ви з нами🤩. Сьогодні разом ми робимо найбільшу українську спільноту з біоінформатики, системної біології та пов’язаних напрямів.

  • Lecture: From patients to genetics – paralyzing struggles of translating ALS by Sophie Imhof

    Lecture: From patients to genetics – paralyzing struggles of translating ALS by Sophie Imhof

    The topic of the lecture: From patients to genetics – paralyzing struggles of translating ALS
    Speaker: Sophie Imhof, PhD Student at the Medical University of Vienna, Department of Neurology, author of a blog for science communication: https://www.instagram.com/sophie_imhof/
    When: 05.06.2020 at 18:00 (Vienna time) | 19:00 (Kyiv time).
    Where: Online. We invite you to connect via Zoom to participate in the discussion after the lecture, or to join the YouTube translation. The access links will be provided after free registration: https://www.eventbrite.com/e/105936210056

    Open lectures of the NGO “Genomics UA” ​​is a non-formal education format in which invited experts talk about their projects or research field. After a presentation, we organize a Q&A session with the speaker and provide an opportunity for informal communication and networking.

    Amyotrophic lateral sclerosis is a fast progressing and lethal neurodegenerative disease that predominantly affects the upper and lower motor neurons. To this point, there is no cure for this pathology and patients have a life expectancy of 3 months to 5 years. Only 10% of cases are due to genetic and hereditary reasons (familial ALS), leaving 90% of patients in the dark of the underlying mechanism of their pathology (sporadic ALS). Only two FDA approved compounds, Riluzole, which prolongs life for up to 3 months, and Edaravone, which was shown to slow down disease progression, are used to treat ALS patients, however, they remain drugs of low efficiency. Out of this reason, researchers worldwide are establishing models and using state-of-the-art technology to investigate this disease. Although our community of ALS scientists and clinicians is eager to beat this pathology, we face many obstacles in the form of patient heterogeneity, different molecular phenotypes, and technical limitations. To overcome these burdens, I believe we need to change our mindset and perspective on this disease and step one step back to discover novel niches of research. Patient cohorts, genetics, iPSCs, stem cell therapy, vitamin supplements – what do we actually know about this disease and how can we pave a new path for effective treatment?

    Additional information:
    – How can I join and ask questions?
    – You need to register on zoom.com (it’s free), download the program, go to the link provided in the event announcement, and enter the password. Or just enter the meeting ID and password if you have already installed and opened the program. If possible, join our meetings with a turned-on camera, it helps to create a presence effect for more informal communication. Participants usually turn off the microphone while someone else is talking. If you have questions before the end, feel free to send them to the chat. If you can not join us via Zoom, there is an alternative to join through the YouTube stream. If you watch us on YouTube, you can ask questions in the chat and our moderators will check them.

    – I liked the event / I have more questions / I want to be in touch with you.
    – First of all, thank you for your interest! We have put together a biomedical community in Telegram and you are invited to join. Go to the channel https://t.me/GenomicsUA, subscribe, and in the description, you will find a link to the chat. If you are not a Telegram user, feel free to drop your question to i@genomics.org.ua, or to our Facebook page.

    Don’t forget to subscribe to our Facebook page:
    https://www.facebook.com/GenomicsUA
    To our YouTube channel:
    https://www.youtube.com/ngogenomicsua
    And to the local representative office of the organization:
    Kyiv: https://www.facebook.com/kyivbioinformatics/
    Odesa: https://www.facebook.com/odesabioinformatics/
    If you have any questions, please contact us in any of these ways.

    Приємного перегляду!