Tag: Спільнота

Git та Markdown

Використання системи керування версіями та розмітки є гарною практикою, в тому числі в обчислювальній біології та у розробці біоінформатичних інструментів. Але що це, чому вони настільки корисні, та як їх застосовувати максимально ефективно? Поспілкуємося на нашому семінарі наступного тижня.

Коли: 22 лютого о 18:00 (UTC+2 / Київ)
Спікери: Дмитро Казанжи та Олександр Петренко (від команди Геноміки ЮА)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82161794737?pwd=WXpCamdUSCtyM3NxeE9keHZsUzZ2UT09)

We are happy to announce our next webinar – a lecture by Shamil Sunyaev, professor at Harvard Medical School

Shamil is one of the world leaders in biomedical genomics.
Shamil Sunyaev’s research group is famous for its research in the population and medical genomics, especially in studying the origin, inheritance, and manifestation of genetic variants.
Shamil’s group has developed tools such as PolyPhen, SNPtrack, and others that are used widely.

Language: English
Lecturer: Shamil Sunyaev
(http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/)When: June 30, 11:00 EDT, 18:00 EEST
Where: Online (zoom link (https://us02web.zoom.us/j/81009140061?pwd=YYyVMmPpRlTTN12dR4_b9kwcuqgg4t.1))

Всім привіт. Цієї суботи ми зустрінемося, щоб поговорити про секвенування РНК (RNA-seq).

Використання даних RNA-seq допомагає встановити молекулярний діагноз, зокрема при нервово-м’язових дистрофіях.

Під час зустрічі Сергій Науменко розгляне декілька статей за цим напрямом, включно зі статтею (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30827497), в якій він зробив внесок як один з перших авторів.

Коли: 11 червня о 17:00 (Київ)
Лектор: Сергій Науменко (http://t.me/naumenko_sa), PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82716113736?pwd=aDNoL2RoNW1GajVOazJkS082ZFc3Zz09)

Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
А ще поговоримо про безліч інструментів:

• пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
• анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
• пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

Лектор: Сергій Науменко
Де: онлайн (посилання на Zoom (https://us02web.zoom.us/j/88981733385?pwd=cjN5TnB2QlVleHkvNlp2OFc3a3ZHQT09))
Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

Друзі, а знаєте, що ми робимо? Ми з радістю анонсуємо, що команда Геноміки приєдналася до ініціативи “Школа успіху. Костянтинівка”!🥳

🧬 Цей проєкт пропонує діалог між учнями шкіл і фахівцями з біології та пов’язаних з нею напрямів. У “Школі” ви зустрінете трьох учасників нашої команди:
📍 Валерія розповість про досвід навчання на біологічній спеціальності в Україні;
📍 Владислав поділиться досвідом застосування біоінформатики в наукових біомедичних проєктах;
📍 Юлія поділиться досвідом кар’єри в біології та біоінформатиці у США та Європі.

📣 Ми будемо дуже вдячні, якщо ви допоможете популяризувати цей захід. Для цього запросіть на заходи “Школи” знайомих учнів, які планують будувати кар’єру в біомедичних напрямках. А якщо ви самі маєте якісь питання на цьому етапі, то надішліть їх нам і ми спробуємо їх обговорити.

🔎 Деталі онлайн-заходу та реєстрація за посиланням:
https://www.facebook.com/events/1032688914205020.

Всім привіт✌️
У нас тут знову намічається зустріч!

💻 Запрошуємо усіх на вебінар, де ми обговоримо теорію статичної візуалізації даних та розглянемо практичні приклади на мовах програмування R та Python.

📝 План заходу:
1. Теорія та практика;
2. Бібліотеки Python: matplotlib та seaborn;
3. Бібліотека R: ggplot2.

🧑‍🏫 Лектори:
Марина Коршевнюк — PhD candidate, University Medical Center Groningen.
Дмитро Казанжи — Data analyst, National Health Service of Ukraine.
Олександр Петренко — PhD Student, Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases.

📅 Коли: 22 липня 2021, 19:00 (Київ)

🌎Де: Zoom
(https://us02web.zoom.us/j/82769997848?pwd=ZkdhUEtBQzB3M3puVlhHcHBBTFdGQT09)

🗓Додати до календаря: https://calendar.google.com/event?action=TEMPLATE&tmeid=MGo3ZWFndXNodWw5YjRpbGtxMjVkZ3Njam0gZ2Vub21pY3N1YS5vcmdAbQ&tmsrc=genomicsua.org%40gmail.com

З чого почати вивчення біоінформатики?

Аби допомогти початківцям та студентам розпочати вивчення біоінформатики, ми узагальнили наш досвід та рекомендації у Roadmap до біоінформатики. Тут ви можете вибрати будь-який шлях та розпочати вивчати основні теми, необхідні для успіху в аналізі біологічних даних.

Якщо ви хочете адаптувати для себе цей постер, сміливо копіюйте та редагуйте його версію draw.io.

А якщо ви досвідчений біоінформатик, ми будемо надзвичайно раді вашому внеску у вдосконалення та завершення цієї візуалізації!

Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.
Лекція буде присвячена еволюційній біології, а саме взаємодії навколишнього середовища та організму.
❓Як живі організми стали такими, якими ми їх знаємо сьогодні?
❓Як функції та фенотипи змінюються з часом?
❓Як зміни генотипу впливають на пристосованість?
❓Як у всьому Цьому допомагає обчислювальна біологія?
Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.
👨‍🏫 Лектор: професор Федір Кондрашов, IST Austria.
📅 Дата: 28.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
🌎 Де: Zoom, дані для підключення (https://us02web.zoom.us/j/88498182724?pwd=bTFnaWJNejZkemNLbnR0aXQrYkpwQT09):
Лекція буде проводитися російською мовою і, за необхідності, організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».