Фото: частина учасників спільноти Геноміки ЮА та BioInUA (http://t.me/bioinua), які взяли участь в Eastern European Bioinformatics and Computational Genomics School.
7-20 липня в Ужгороді відбувається Biological Data Science Summer School, тож запрошуємо ділитися враженнями і фотографіями з обох заходів в чаті (http://t.me/bioinformaticsua).
▶️ Сьогодні вийшла публікація “The resilience of Ukrainian scientists (https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7)” в Cell Systems, серед співавторів якої є багато учасників нашої спільноти.
▶️ Це – важлива композиція коментарів про те, як війна впливає на українську науку і науковців. Вона містить ті думки та послання, які особливо важливо побачити нашим закордонним колегам та друзям: від Валерія, який поставив кар’єру на паузу та мобілізувався одразу після вторгнення; від дослідників в українських інститутах, які продовжують працювати попри все; та від українських дослідників в закордонних інститутах.
▶️ Дуже важливо поділитися публікацією з вашими закордонними колегами, особливо якщо ви користуєтеся LinkedIn та Twitter або аналогічними платформами – тож будемо вам вдячні за це. Доступ: https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7#%20
Команда Геноміки ЮА вже п’ять років працює над тим, щоб покращити освіту в Україні, зокрема, у сфері біоінформатики. Тому ми всіляко вітаємо ініціативи українських вчених та освітян щодо того, щоб розвивати цей напрям у системі формальної освіти. Нещодавно, колектив з Прикарпатського національного університету імені Василя Стефаника запропонував магістерську програму з біоінформатики для громадського обговорення. Ми вдячні за цей крок, і бажаємо успіхів команді для вдалого запуску. Нижче ми публікуємо у відкритий доступ наш відгук для кращого освітлення потенційним стейкхолдерам і тім, хто залучений в інші подібні програми. Ми також закликаємо нашу спільноту продовжувати подавати відгуки до 20-го березня. Інформація про програму та можливість надати відгук є на сайті ПНУ: посилання.
Хочемо запросити вас на семінар від наших друзів з Bioinformatics for Ukraine. Наступного четверга вони проводять зустріч, присвячену експресії генів. На ній буде про те, що таке транскриптоміка, в яких дослідженнях її застосовують, та чому вміння аналізувати транскриптомні дані відкриває багато кар’єрних можливостей
Розповідати про це буде Олександр Петренко, науковий співробітник Медичного університету Відня, співзасновник Геноміки ЮА та один з інструкторів курсу з аналізу даних РНК-секвенування.
Коли: 21-го березня, 7 вечора за Києвом.
Реєстрація: Google Spreadsheet. Зв’язок з організаторами: лінк.
🧬 Запрошуємо на наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА!
Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://doi.org/10.1126/science.adg7492].
✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використанні структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.
— Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі
⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST)
📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09
🔬 Тема обговорення:
Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!
Починається останній тиждень нашого курсу, де учасники будуть презентувати результати аналізу даних секвенування РНК. Як того набору даних, який ми аналізували разом (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE205555), так і тих, що відібрали учасники самостійно. Ми переконані, що ці навички допоможуть у пошуку роботи й для наукових проєктів. Разом з тим, ми відкрили доступ до платформи тестування, і перший учасник вже отримав сертифікат. Вітаємо Святослава!
За останній місяць ми переробили сайт і перенесли його на окремий сервер, а разом з тим впровадили GenomicsID. Це – єдиний логін на наші чинні та майбутні сервіси, які ми будемо додавати та розробляти. Наразі це ними є пошта на @genomics.org.ua та платформа для тестування. Якщо раптом комусь з учасників спільноти потрібна така адреса пошти для професійних цілей, можемо надати доступ в обмін на пожертву фонду “Повернись живим”. За бажанням, відправляйте скриншот свіжого донату разом зі своїм ім’ям на hello@genomics.org.ua
Сьогодні перший день курсу з РНК-секвенування, під час реєстрації на який спільнота Геноміки зібрала 36797.64 грн для БФ “Повернись живим”!
Ми вирішили перевести фонду цю частину вже сьогодні, щоб ці кошти працювали на нашу перемогу. Але залишаємо активною банку:
https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8
Якщо вам особливо сподобалася певна зустріч під час п’яти тижнів курсу – ви знаєте, куди перевести свої декілька гривень ;). Те, що нам разом вдасться добрати, переведемо наприкінці курсу.
R – база! 📊
Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.
На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
➕ Навігація в Rstudio.
➕ Корисні стартові команди.
➕ Синтаксис R, типи та структури даних.
➕ Зберігання та завантаження файлів.
➕ Прості маніпуляції із даними.
➕ Петлі та галуження коду, написання функцій.
➕ Створення графічного відображення даних.
➕ Робота із пакетом tidyverse.
Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
Де: Zoom
(https://us02web.zoom.us/j/84767265916?pwd=dWoxbG0vdTU2V0ovUmMxcjJNKy9iUT09)Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео (https://www.youtube.com/watch?v=TFGYlKvQEQ4). Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.
Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE
🧬📘 Запрошуємо вас відвідати наступну зустріч Геноміки!
Сергій Науменко, вчений-біоінформатик, презентує свій посібник з біоінформатики українською мовою. Сергій обговорить його ключові елементи та проведе обмін думками з учасниками. Запрошена спікерка, редакторка Ольга Васильєва, просвітить учасників стосовно процесу підготовки посібника та поділиться досвідом перекладу з наукової на літературну мову.
Посібник у відкритому доступі: GitHub (https://github.com/naumenko-sa/bioinf_posibnyk_public/blob/main/bioinf_posibnyk.pdf)
На тих, хто відвідає зустріч, чекає унікальна можливість поглибити професійні знання у сфері біоінформатики, відкрити нові перспективи для кар’єрного росту та стати частиною наукової дискусії. А бонусом, наприкінці заходу ми зробимо великий анонс стосовно нашого наступного проєкту. Чекаємо на вас!
Коли: 15 липня 2023, 18:00 (Київ) / 11:00 (EST)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/81031555698?pwd=VmZXMXRQWkpNRER4NURpWFFrL3k2Zz09)
Git та Markdown
Використання системи керування версіями та розмітки є гарною практикою, в тому числі в обчислювальній біології та у розробці біоінформатичних інструментів. Але що це, чому вони настільки корисні, та як їх застосовувати максимально ефективно? Поспілкуємося на нашому семінарі наступного тижня.
Коли: 22 лютого о 18:00 (UTC+2 / Київ)
Спікери: Дмитро Казанжи та Олександр Петренко (від команди Геноміки ЮА)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82161794737?pwd=WXpCamdUSCtyM3NxeE9keHZsUzZ2UT09)