Tag: Спільнота

  • Валерія Васильєва #HumansOfGenomicsUA

    Валерія Васильєва #HumansOfGenomicsUA

    ▶️ Геноміка ЮА попросила декількох людей з нашої спільноти поділитися чимось цікавим зі своєї роботи, навчання або просто досвідом, який може бути корисним для інших. Маєте що розповісти про себе? Напишіть сюди: team-genomics@genomics.org.ua і давайте поспілкуємося про публікацію #HumansOfGenomicsUA.


    Bonjour, je m’appelle Valeriia. Пишу записку вам з Шербруку (Квебек, Канада). Тут зима триває пів року і напівфабрикати — звична їжа місцевих. Але також тут крута science.

    Якщо ви працюєте в західних інститутах/компаніях, то я вас не здивую. Усі знають про наукові здобутки всіх в установі, всі співпрацюють з усіма, і (особливо в Канаді) всі з усіма привітні.

    Університет Шербруку — не найконкурентніший у провінції, але він дійсно піклується про доброустрій. Тут є research facilities від клітинних культур до очищення білків та магазин з усім лабораторним пластиком і не тільки. Студентська стипендія дозволяє не працювати (щоправда, тусити кожної п’ятниці не вийде). Маєш певні результати та хочеш на конференцію? Дуже вірогідно, що твій науковий керівник усе оплатить.

    Про культурний шок українського студента в Канаді можна писати ще довго, та давайте про science. Інститут, у якому я працюю (IRCUS), спеціалізується на дослідженні раку. Але насправді тут вивчається багато чого паралельно і це супер допомагає навчатися різноманітних технік і галузей. Навіть у нашій лабі під керівництвом професорки Marie Brunet ми робимо scRNA-seq, протеоміку, геноміку, машинне та глибоке навчання, а ще трохи еволюцію і молекулярку в мокрій лабі.

    Ось ще один приклад того, чим тут займаються. OpenProt — це база альтернативних білків, випечена в Шербруку. Що за альтернативні білки? Це всі ті, що відсутні в UniProt, але теоретично можуть експресуватися. OpenProt збирає доказ їх експресії з сотень мас-спектрометричних наборів даних та Ribo-seq. Виявляється, є тисячі білків, які ми ігноруємо, якщо покладаємося тільки на UniProt. Біоінформатика в цьому місці квітне, різноманітність досвіду вітається, тому тут радо приймають іноземних студентів. Основне — показати свої passion and enthusiasm і тоді тобі радо допоможуть у кар’єрі й дадуть гроші.

    Те, що важливо в Канаді, в Україні зазвичай не вчать: вміння захоплююче писати та презентувати. Стандарти презентації в Україні: побільше заскладної інформації й тяжкої термінології, все дуже серйозно, текст на пам’ять. Тим часом у Канаді: залишай лише найважливішу інформацію, розповідай як історію, пояснюй ключові терміни як школяру, імпровізуй і жартуй.

    Підсумок: хочете знати більше — запросіть на дистанційну каву/пиво — розповім :3

    Післяслово: захоплення біоінформатикою було моїм квитком у Канаду. І якнайкраще я змогла це продемонструвати в мотиваційному листі через вклад у спільноту Геноміки ЮА.
    🔗 LinkedIn Валерії


  • Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

    Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

    Фото: частина учасників спільноти Геноміки ЮА та BioInUA (http://t.me/bioinua), які взяли участь в Eastern European Bioinformatics and Computational Genomics School.

    7-20 липня в Ужгороді відбувається Biological Data Science Summer School, тож запрошуємо ділитися враженнями і фотографіями з обох заходів в чаті (http://t.me/bioinformaticsua).

  • Публікація в Cell Systems: The resilience of Ukrainian scientists

    Публікація в Cell Systems: The resilience of Ukrainian scientists

    ▶️ Сьогодні вийшла публікація “The resilience of Ukrainian scientists (https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7)” в Cell Systems, серед співавторів якої є багато учасників нашої спільноти.

    ▶️ Це – важлива композиція коментарів про те, як війна впливає на українську науку і науковців. Вона містить ті думки та послання, які особливо важливо побачити нашим закордонним колегам та друзям: від Валерія, який поставив кар’єру на паузу та мобілізувався одразу після вторгнення; від дослідників в українських інститутах, які продовжують працювати попри все; та від українських дослідників в закордонних інститутах.

    ▶️ Дуже важливо поділитися публікацією з вашими закордонними колегами, особливо якщо ви користуєтеся LinkedIn та Twitter або аналогічними платформами – тож будемо вам вдячні за це. Доступ: https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7#%20

  • Геноміка ЮА надає відгук на програму з біоінформатики ПНУ

    Геноміка ЮА надає відгук на програму з біоінформатики ПНУ

    Команда Геноміки ЮА вже п’ять років працює над тим, щоб покращити освіту в Україні, зокрема, у сфері біоінформатики. Тому ми всіляко вітаємо ініціативи українських вчених та освітян щодо того, щоб розвивати цей напрям у системі формальної освіти. Нещодавно, колектив з Прикарпатського національного університету імені Василя Стефаника запропонував магістерську програму з біоінформатики для громадського обговорення. Ми вдячні за цей крок, і бажаємо успіхів команді для вдалого запуску. Нижче ми публікуємо у відкритий доступ наш відгук для кращого освітлення потенційним стейкхолдерам і тім, хто залучений в інші подібні програми. Ми також закликаємо нашу спільноту продовжувати подавати відгуки до 20-го березня. Інформація про програму та можливість надати відгук є на сайті ПНУ: посилання.

  • Запрошення на семінар з обчислювальної біології від Bioinformatics for Ukraine

    Запрошення на семінар з обчислювальної біології від Bioinformatics for Ukraine

    Хочемо запросити вас на семінар від наших друзів з Bioinformatics for Ukraine. Наступного четверга вони проводять зустріч, присвячену експресії генів. На ній буде про те, що таке транскриптоміка, в яких дослідженнях її застосовують, та чому вміння аналізувати транскриптомні дані відкриває багато кар’єрних можливостей

    Розповідати про це буде Олександр Петренко, науковий співробітник Медичного університету Відня, співзасновник Геноміки ЮА та один з інструкторів курсу з аналізу даних РНК-секвенування.

    Коли: 21-го березня, 7 вечора за Києвом.
    Реєстрація: Google Spreadsheet. Зв’язок з організаторами: лінк.

  • AlphaMissense

    AlphaMissense

    🧬 Запрошуємо на наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА!

    Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://doi.org/10.1126/science.adg7492].
    ✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використанні структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.
    — Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі

    ⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST)
    📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09
    🔬 Тема обговорення:

    • Використання AlphaMissense для ідентифікації патогенних міссенс-мутацій.
    • Перспективи використання AlphaMissense в молекулярній біології та генетиці.

    Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!

  • Фінал курсу з RNA-seq 2023

    Фінал курсу з RNA-seq 2023

    Починається останній тиждень нашого курсу, де учасники будуть презентувати результати аналізу даних секвенування РНК. Як того набору даних, який ми аналізували разом (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE205555), так і тих, що відібрали учасники самостійно. Ми переконані, що ці навички допоможуть у пошуку роботи й для наукових проєктів. Разом з тим, ми відкрили доступ до платформи тестування, і перший учасник вже отримав сертифікат. Вітаємо Святослава!

    За останній місяць ми переробили сайт і перенесли його на окремий сервер, а разом з тим впровадили GenomicsID. Це – єдиний логін на наші чинні та майбутні сервіси, які ми будемо додавати та розробляти. Наразі це ними є пошта на @genomics.org.ua та платформа для тестування. Якщо раптом комусь з учасників спільноти потрібна така адреса пошти для професійних цілей, можемо надати доступ в обмін на пожертву фонду “Повернись живим”. За бажанням, відправляйте скриншот свіжого донату разом зі своїм ім’ям на hello@genomics.org.ua

  • Спільнота Геноміки передала фонду “Повернись живим” 36 797 грн

    Спільнота Геноміки передала фонду “Повернись живим” 36 797 грн

    Сьогодні перший день курсу з РНК-секвенування, під час реєстрації на який спільнота Геноміки зібрала 36797.64 грн для БФ “Повернись живим”!

    Ми вирішили перевести фонду цю частину вже сьогодні, щоб ці кошти працювали на нашу перемогу. Але залишаємо активною банку:
    https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8

    Якщо вам особливо сподобалася певна зустріч під час п’яти тижнів курсу – ви знаєте, куди перевести свої декілька гривень ;). Те, що нам разом вдасться добрати, переведемо наприкінці курсу.

  • Практична зустріч: R – БАЗА!

    Практична зустріч: R – БАЗА!

    R – база! 📊
    Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.

    На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
    ➕ Навігація в Rstudio.
    ➕ Корисні стартові команди.
    ➕ Синтаксис R, типи та структури даних.
    ➕ Зберігання та завантаження файлів.
    ➕ Прості маніпуляції із даними.
    ➕ Петлі та галуження коду, написання функцій.
    ➕ Створення графічного відображення даних.
    ➕ Робота із пакетом tidyverse.

    Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
    Де: Zoom

    (https://us02web.zoom.us/j/84767265916?pwd=dWoxbG0vdTU2V0ovUmMxcjJNKy9iUT09)Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео (https://www.youtube.com/watch?v=TFGYlKvQEQ4). Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.

    Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE

  • Зустріч: посібник з біоінформатики українською мовою

    Зустріч: посібник з біоінформатики українською мовою

    🧬📘 Запрошуємо вас відвідати наступну зустріч Геноміки!
    Сергій Науменко, вчений-біоінформатик, презентує свій посібник з біоінформатики українською мовою. Сергій обговорить його ключові елементи та проведе обмін думками з учасниками. Запрошена спікерка, редакторка Ольга Васильєва, просвітить учасників стосовно процесу підготовки посібника та поділиться досвідом перекладу з наукової на літературну мову.

    Посібник у відкритому доступі: GitHub (https://github.com/naumenko-sa/bioinf_posibnyk_public/blob/main/bioinf_posibnyk.pdf)

    На тих, хто відвідає зустріч, чекає унікальна можливість поглибити професійні знання у сфері біоінформатики, відкрити нові перспективи для кар’єрного росту та стати частиною наукової дискусії. А бонусом, наприкінці заходу ми зробимо великий анонс стосовно нашого наступного проєкту. Чекаємо на вас!

    Коли: 15 липня 2023, 18:00 (Київ) / 11:00 (EST)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/81031555698?pwd=VmZXMXRQWkpNRER4NURpWFFrL3k2Zz09)