Tag: Спільнота

  • Анастасія Горлова #HumansOfGenomicsUA

    Анастасія Горлова #HumansOfGenomicsUA

    Публікуємо #HumansOfGenomicsUA з учасницею спільноти Анастасією Горловою (LinkedIn).


    Привіт усім, мене звати Настя. Зараз я живу в Німеччині, але мої друзі жартують, що справжньої Німеччини я не бачила. Чому так? Бо працюю я у великому інтернаціональному інституті, де вітаються люди всіх національностей та підтримується мультикультурність. Інститут цей — EMBL (European Molecular Biology Laboratory) Heidelberg.

    У Гайдельберзі знаходиться головна філія інституту, і ще пʼять розташовані у різних містах Європи та Англії. Разом вони забезпечують блискучі умови (матеріальні та нематеріальні) для існування якісної науки. Усі філії надають інструменти та сервіси для:

    • структурної біології: electron microscopy and light microscopy facilities;
    • мультиоміки: genomics facilities, proteomics facilities, metabolomics facilities, flow cytometry facilities;
    • важких компʼютерних обчислень: high performance cluster;
    • тощо-тощо-тощо…
      Усе обладнання доступне для ваших експериментів. Для співробітників, охочих працювати за інструментом, проводять якісне навчання.

    У EMBL знайти собі місце може будь-хто: біологи, хіміки, фізики, інженери та спеціалісти інших галузей. Усе це велике комʼюніті працює над тим, аби відкривати нові горизонти у сферах геноміки, протеоміки, біології розвитку, клітинної та системної біології (Гайдельберг), структурної біології (Гайдельберг, Гамбург, Гренобль), нейробіології та епігенетики (Рим), біології тканини та моделювання захворювань (Барселона), біоінформатики (Гайдельберг, Хінкстон) та в багатьох інших дотичних галузях.

    А ще, окрім неймовірної науки, EMBL вирізняється атмосферою та способом взаємодії. Ти будуєш дружні стосунки не лише зі своїми однолітками, а й зі старшими колегами, також можеш вільно спілкуватися з очільником будь-якої лаби й не відчувати барʼєру та напруження стосовно “статусу” співрозмовника.

    Оскільки я базуюсь в Гайдельберзі, то можу розказати трохи більше саме про це місце. EMBL тут — це величезний модерний кампус на схилі, оточений зеленим лісом, тут найкраща їжа в їдальні (я не збрешу, якщо скажу, що на рівні хорошого ресторану), приємні лаунж-зони для співробітників, періодичні вечірки, а також безкоштовне пиво з піцою щопʼятниці для заохочення нетворкінгу 😉
    Одна з тих речей, що подобаються мені найбільше стосовно EMBL у Гайдельберзі — це ATC (Advanced Training Center), де щорічно проводиться купа конференцій. Якщо ти знаходишся в кампусі на час проведення чергової крутої події, можна прийти і послухати провідних науковців світу, а після їх виступу побалакати з ними за кавою.

    Потрапити в це середовище можна на стажування, PhD, Postdoc або на будь-яку іншу відкриту позицію. Стажування можливе завдяки написанню листів очільникам лабораторій, які вас цікавлять. Багатьом з них потрібні люди для численних проєктів. Багато з них мають фінансування, тож за стажування можуть платити гроші. Часто це зарплата, яка відповідає прожитковому мінімуму. Онлайн стажування також можливі, особливо, якщо ви займаєтеся біоінформатикою. Щодо PhD, то в EMBL існує ціла програма для щорічного рекрутингу студентів — EIPP. Дуже рекомендую її спробувати, якщо PhD — це те, що вас цікавить. Отож не соромтеся написати email у лабу вашої мрії — імовірність туди потрапити існує завжди 😉

    Я була б рада вітати в EMBL більше гостей з України, і було би класно, якби наше представництво тут росло та зміцнювалося. Про всі-всі плюшки EMBL у малому повідомленні не розповіси, тож залюбки відповім на ваші додаткові запитання 😉


    Нам цікаво дізнатися чим живе наша спільнота. Є чим поділитися про себе, що могло б допомогти або надихнути інших на їх кар’єрному шляху? Напишіть сюди: team-genomics@genomics.org.ua і давайте поспілкуємося про публікацію.


  • Валерія Васильєва #HumansOfGenomicsUA

    Валерія Васильєва #HumansOfGenomicsUA

    ▶️ Геноміка ЮА попросила декількох людей з нашої спільноти поділитися чимось цікавим зі своєї роботи, навчання або просто досвідом, який може бути корисним для інших. Маєте що розповісти про себе? Напишіть сюди: team-genomics@genomics.org.ua і давайте поспілкуємося про публікацію #HumansOfGenomicsUA.


    Bonjour, je m’appelle Valeriia. Пишу записку вам з Шербруку (Квебек, Канада). Тут зима триває пів року і напівфабрикати — звична їжа місцевих. Але також тут крута science.

    Якщо ви працюєте в західних інститутах/компаніях, то я вас не здивую. Усі знають про наукові здобутки всіх в установі, всі співпрацюють з усіма, і (особливо в Канаді) всі з усіма привітні.

    Університет Шербруку — не найконкурентніший у провінції, але він дійсно піклується про доброустрій. Тут є research facilities від клітинних культур до очищення білків та магазин з усім лабораторним пластиком і не тільки. Студентська стипендія дозволяє не працювати (щоправда, тусити кожної п’ятниці не вийде). Маєш певні результати та хочеш на конференцію? Дуже вірогідно, що твій науковий керівник усе оплатить.

    Про культурний шок українського студента в Канаді можна писати ще довго, та давайте про science. Інститут, у якому я працюю (IRCUS), спеціалізується на дослідженні раку. Але насправді тут вивчається багато чого паралельно і це супер допомагає навчатися різноманітних технік і галузей. Навіть у нашій лабі під керівництвом професорки Marie Brunet ми робимо scRNA-seq, протеоміку, геноміку, машинне та глибоке навчання, а ще трохи еволюцію і молекулярку в мокрій лабі.

    Ось ще один приклад того, чим тут займаються. OpenProt — це база альтернативних білків, випечена в Шербруку. Що за альтернативні білки? Це всі ті, що відсутні в UniProt, але теоретично можуть експресуватися. OpenProt збирає доказ їх експресії з сотень мас-спектрометричних наборів даних та Ribo-seq. Виявляється, є тисячі білків, які ми ігноруємо, якщо покладаємося тільки на UniProt. Біоінформатика в цьому місці квітне, різноманітність досвіду вітається, тому тут радо приймають іноземних студентів. Основне — показати свої passion and enthusiasm і тоді тобі радо допоможуть у кар’єрі й дадуть гроші.

    Те, що важливо в Канаді, в Україні зазвичай не вчать: вміння захоплююче писати та презентувати. Стандарти презентації в Україні: побільше заскладної інформації й тяжкої термінології, все дуже серйозно, текст на пам’ять. Тим часом у Канаді: залишай лише найважливішу інформацію, розповідай як історію, пояснюй ключові терміни як школяру, імпровізуй і жартуй.

    Підсумок: хочете знати більше — запросіть на дистанційну каву/пиво — розповім :3

    Післяслово: захоплення біоінформатикою було моїм квитком у Канаду. І якнайкраще я змогла це продемонструвати в мотиваційному листі через вклад у спільноту Геноміки ЮА.
    🔗 LinkedIn Валерії


  • Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

    Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

    Фото: частина учасників спільноти Геноміки ЮА та BioInUA (http://t.me/bioinua), які взяли участь в Eastern European Bioinformatics and Computational Genomics School.

    7-20 липня в Ужгороді відбувається Biological Data Science Summer School, тож запрошуємо ділитися враженнями і фотографіями з обох заходів в чаті (http://t.me/bioinformaticsua).

  • Публікація в Cell Systems: The resilience of Ukrainian scientists

    Публікація в Cell Systems: The resilience of Ukrainian scientists

    ▶️ Сьогодні вийшла публікація “The resilience of Ukrainian scientists (https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7)” в Cell Systems, серед співавторів якої є багато учасників нашої спільноти.

    ▶️ Це – важлива композиція коментарів про те, як війна впливає на українську науку і науковців. Вона містить ті думки та послання, які особливо важливо побачити нашим закордонним колегам та друзям: від Валерія, який поставив кар’єру на паузу та мобілізувався одразу після вторгнення; від дослідників в українських інститутах, які продовжують працювати попри все; та від українських дослідників в закордонних інститутах.

    ▶️ Дуже важливо поділитися публікацією з вашими закордонними колегами, особливо якщо ви користуєтеся LinkedIn та Twitter або аналогічними платформами – тож будемо вам вдячні за це. Доступ: https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/S2405-4712(24)00091-7#%20

  • Геноміка ЮА надає відгук на програму з біоінформатики ПНУ

    Геноміка ЮА надає відгук на програму з біоінформатики ПНУ

    Команда Геноміки ЮА вже п’ять років працює над тим, щоб покращити освіту в Україні, зокрема, у сфері біоінформатики. Тому ми всіляко вітаємо ініціативи українських вчених та освітян щодо того, щоб розвивати цей напрям у системі формальної освіти. Нещодавно, колектив з Прикарпатського національного університету імені Василя Стефаника запропонував магістерську програму з біоінформатики для громадського обговорення. Ми вдячні за цей крок, і бажаємо успіхів команді для вдалого запуску. Нижче ми публікуємо у відкритий доступ наш відгук для кращого освітлення потенційним стейкхолдерам і тім, хто залучений в інші подібні програми. Ми також закликаємо нашу спільноту продовжувати подавати відгуки до 20-го березня. Інформація про програму та можливість надати відгук є на сайті ПНУ: посилання.

  • Запрошення на семінар з обчислювальної біології від Bioinformatics for Ukraine

    Запрошення на семінар з обчислювальної біології від Bioinformatics for Ukraine

    Хочемо запросити вас на семінар від наших друзів з Bioinformatics for Ukraine. Наступного четверга вони проводять зустріч, присвячену експресії генів. На ній буде про те, що таке транскриптоміка, в яких дослідженнях її застосовують, та чому вміння аналізувати транскриптомні дані відкриває багато кар’єрних можливостей

    Розповідати про це буде Олександр Петренко, науковий співробітник Медичного університету Відня, співзасновник Геноміки ЮА та один з інструкторів курсу з аналізу даних РНК-секвенування.

    Коли: 21-го березня, 7 вечора за Києвом.
    Реєстрація: Google Spreadsheet. Зв’язок з організаторами: лінк.

  • AlphaMissense

    AlphaMissense

    🧬 Запрошуємо на наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА!

    Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://doi.org/10.1126/science.adg7492].
    ✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використанні структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.
    — Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі

    ⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST)
    📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09
    🔬 Тема обговорення:

    • Використання AlphaMissense для ідентифікації патогенних міссенс-мутацій.
    • Перспективи використання AlphaMissense в молекулярній біології та генетиці.

    Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!

  • Фінал курсу з RNA-seq 2023

    Фінал курсу з RNA-seq 2023

    Починається останній тиждень нашого курсу, де учасники будуть презентувати результати аналізу даних секвенування РНК. Як того набору даних, який ми аналізували разом (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE205555), так і тих, що відібрали учасники самостійно. Ми переконані, що ці навички допоможуть у пошуку роботи й для наукових проєктів. Разом з тим, ми відкрили доступ до платформи тестування, і перший учасник вже отримав сертифікат. Вітаємо Святослава!

    За останній місяць ми переробили сайт і перенесли його на окремий сервер, а разом з тим впровадили GenomicsID. Це – єдиний логін на наші чинні та майбутні сервіси, які ми будемо додавати та розробляти. Наразі це ними є пошта на @genomics.org.ua та платформа для тестування. Якщо раптом комусь з учасників спільноти потрібна така адреса пошти для професійних цілей, можемо надати доступ в обмін на пожертву фонду “Повернись живим”. За бажанням, відправляйте скриншот свіжого донату разом зі своїм ім’ям на hello@genomics.org.ua

  • Спільнота Геноміки передала фонду “Повернись живим” 36 797 грн

    Спільнота Геноміки передала фонду “Повернись живим” 36 797 грн

    Сьогодні перший день курсу з РНК-секвенування, під час реєстрації на який спільнота Геноміки зібрала 36797.64 грн для БФ “Повернись живим”!

    Ми вирішили перевести фонду цю частину вже сьогодні, щоб ці кошти працювали на нашу перемогу. Але залишаємо активною банку:
    https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8

    Якщо вам особливо сподобалася певна зустріч під час п’яти тижнів курсу – ви знаєте, куди перевести свої декілька гривень ;). Те, що нам разом вдасться добрати, переведемо наприкінці курсу.

  • Практична зустріч: R – БАЗА!

    Практична зустріч: R – БАЗА!

    R – база! 📊
    Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.

    На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
    ➕ Навігація в Rstudio.
    ➕ Корисні стартові команди.
    ➕ Синтаксис R, типи та структури даних.
    ➕ Зберігання та завантаження файлів.
    ➕ Прості маніпуляції із даними.
    ➕ Петлі та галуження коду, написання функцій.
    ➕ Створення графічного відображення даних.
    ➕ Робота із пакетом tidyverse.

    Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
    Де: Zoom

    (https://us02web.zoom.us/j/84767265916?pwd=dWoxbG0vdTU2V0ovUmMxcjJNKy9iUT09)Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео (https://www.youtube.com/watch?v=TFGYlKvQEQ4). Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.

    Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE