Tag: Спільнота

Хочемо запросити вас на семінар від наших друзів з Bioinformatics for Ukraine. Наступного четверга вони проводять зустріч, присвячену експресії генів. На ній буде про те, що таке транскриптоміка, в яких дослідженнях її застосовують, та чому вміння аналізувати транскриптомні дані відкриває багато кар’єрних можливостей

Розповідати про це буде Олександр Петренко, науковий співробітник Медичного університету Відня, співзасновник Геноміки ЮА та один з інструкторів курсу з аналізу даних РНК-секвенування.

Коли: 21-го березня, 7 вечора за Києвом.
Реєстрація: Google Spreadsheet. Зв’язок з організаторами: лінк.

Сьогодні перший день курсу з РНК-секвенування, під час реєстрації на який спільнота Геноміки зібрала 36797.64 грн для БФ “Повернись живим”!

Ми вирішили перевести фонду цю частину вже сьогодні, щоб ці кошти працювали на нашу перемогу. Але залишаємо активною банку:
https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8

Якщо вам особливо сподобалася певна зустріч під час п’яти тижнів курсу – ви знаєте, куди перевести свої декілька гривень ;). Те, що нам разом вдасться добрати, переведемо наприкінці курсу.

R – база! 📊
Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.

На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
➕ Навігація в Rstudio.
➕ Корисні стартові команди.
➕ Синтаксис R, типи та структури даних.
➕ Зберігання та завантаження файлів.
➕ Прості маніпуляції із даними.
➕ Петлі та галуження коду, написання функцій.
➕ Створення графічного відображення даних.
➕ Робота із пакетом tidyverse.

Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
Де: Zoom

(https://us02web.zoom.us/j/84767265916?pwd=dWoxbG0vdTU2V0ovUmMxcjJNKy9iUT09)Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео (https://www.youtube.com/watch?v=TFGYlKvQEQ4). Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.

Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE

🧬📘 Запрошуємо вас відвідати наступну зустріч Геноміки!
Сергій Науменко, вчений-біоінформатик, презентує свій посібник з біоінформатики українською мовою. Сергій обговорить його ключові елементи та проведе обмін думками з учасниками. Запрошена спікерка, редакторка Ольга Васильєва, просвітить учасників стосовно процесу підготовки посібника та поділиться досвідом перекладу з наукової на літературну мову.

Посібник у відкритому доступі: GitHub (https://github.com/naumenko-sa/bioinf_posibnyk_public/blob/main/bioinf_posibnyk.pdf)

На тих, хто відвідає зустріч, чекає унікальна можливість поглибити професійні знання у сфері біоінформатики, відкрити нові перспективи для кар’єрного росту та стати частиною наукової дискусії. А бонусом, наприкінці заходу ми зробимо великий анонс стосовно нашого наступного проєкту. Чекаємо на вас!

Коли: 15 липня 2023, 18:00 (Київ) / 11:00 (EST)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/81031555698?pwd=VmZXMXRQWkpNRER4NURpWFFrL3k2Zz09)

Git та Markdown

Використання системи керування версіями та розмітки є гарною практикою, в тому числі в обчислювальній біології та у розробці біоінформатичних інструментів. Але що це, чому вони настільки корисні, та як їх застосовувати максимально ефективно? Поспілкуємося на нашому семінарі наступного тижня.

Коли: 22 лютого о 18:00 (UTC+2 / Київ)
Спікери: Дмитро Казанжи та Олександр Петренко (від команди Геноміки ЮА)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82161794737?pwd=WXpCamdUSCtyM3NxeE9keHZsUzZ2UT09)

We are happy to announce our next webinar – a lecture by Shamil Sunyaev, professor at Harvard Medical School

Shamil is one of the world leaders in biomedical genomics.
Shamil Sunyaev’s research group is famous for its research in the population and medical genomics, especially in studying the origin, inheritance, and manifestation of genetic variants.
Shamil’s group has developed tools such as PolyPhen, SNPtrack, and others that are used widely.

Language: English
Lecturer: Shamil Sunyaev
(http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/)When: June 30, 11:00 EDT, 18:00 EEST
Where: Online (zoom link (https://us02web.zoom.us/j/81009140061?pwd=YYyVMmPpRlTTN12dR4_b9kwcuqgg4t.1))

Всім привіт. Цієї суботи ми зустрінемося, щоб поговорити про секвенування РНК (RNA-seq).

Використання даних RNA-seq допомагає встановити молекулярний діагноз, зокрема при нервово-м’язових дистрофіях.

Під час зустрічі Сергій Науменко розгляне декілька статей за цим напрямом, включно зі статтею (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30827497), в якій він зробив внесок як один з перших авторів.

Коли: 11 червня о 17:00 (Київ)
Лектор: Сергій Науменко (http://t.me/naumenko_sa), PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82716113736?pwd=aDNoL2RoNW1GajVOazJkS082ZFc3Zz09)

Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
А ще поговоримо про безліч інструментів:

• пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
• анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
• пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

Лектор: Сергій Науменко
Де: онлайн (посилання на Zoom (https://us02web.zoom.us/j/88981733385?pwd=cjN5TnB2QlVleHkvNlp2OFc3a3ZHQT09))
Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)