GENOMICS UA | Геноміка ЮА

Tag: Освіта

  • Семінар: Git та Markdown

    Семінар: Git та Markdown

    Git та Markdown

    Використання системи керування версіями та розмітки є гарною практикою, в тому числі в обчислювальній біології та у розробці біоінформатичних інструментів. Але що це, чому вони настільки корисні, та як їх застосовувати максимально ефективно? Поспілкуємося на нашому семінарі наступного тижня.

    Коли: 22 лютого о 18:00 (UTC+2 / Київ)
    Спікери: Дмитро Казанжи та Олександр Петренко (від команди Геноміки ЮА)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82161794737?pwd=WXpCamdUSCtyM3NxeE9keHZsUzZ2UT09)

    поДивитися запис

  • Lecture: Methods to discover genes driving rare diseases and cancer

    Lecture: Methods to discover genes driving rare diseases and cancer

    We are happy to announce our next webinar – a lecture by Shamil Sunyaev, professor at Harvard Medical School

    Shamil is one of the world leaders in biomedical genomics.
    Shamil Sunyaev’s research group is famous for its research in the population and medical genomics, especially in studying the origin, inheritance, and manifestation of genetic variants.
    Shamil’s group has developed tools such as PolyPhen, SNPtrack, and others that are used widely.

    Language: English
    Lecturer: Shamil Sunyaev
    (http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/)When: June 30, 11:00 EDT, 18:00 EEST
    Where: Online (zoom link (https://us02web.zoom.us/j/81009140061?pwd=YYyVMmPpRlTTN12dR4_b9kwcuqgg4t.1))

  • Лекція: РНК-секвенування при менделівських хворобах

    Лекція: РНК-секвенування при менделівських хворобах

    Всім привіт. Цієї суботи ми зустрінемося, щоб поговорити про секвенування РНК (RNA-seq).

    Використання даних RNA-seq допомагає встановити молекулярний діагноз, зокрема при нервово-м’язових дистрофіях.

    Під час зустрічі Сергій Науменко розгляне декілька статей за цим напрямом, включно зі статтею (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30827497), в якій він зробив внесок як один з перших авторів.

    Коли: 11 червня о 17:00 (Київ)
    Лектор: Сергій Науменко (http://t.me/naumenko_sa), PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82716113736?pwd=aDNoL2RoNW1GajVOazJkS082ZFc3Zz09)

    подивитися запис
  • Вебінар: Bioinformatics of small variant calling, annotation, and prioritization

    Вебінар: Bioinformatics of small variant calling, annotation, and prioritization

    Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
    На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
    У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
    А ще поговоримо про безліч інструментів:

    • пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
    • анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
    • пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

    Лектор: Сергій Науменко
    Де: онлайн (посилання на Zoom (https://us02web.zoom.us/j/88981733385?pwd=cjN5TnB2QlVleHkvNlp2OFc3a3ZHQT09))
    Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

    подивитися запис
  • T2T-CHM13 human genome assembly

    T2T-CHM13 human genome assembly

    👋 Привіт, Геноміко!

    🧬 Наш новий учасник спільноти, Сергій Науменко (https://bioinformatics.bwh.harvard.edu/staff-member/sergey-naumenko-phd/) (PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health), запропонував зустрітися та оговорити дві статті:

    1. Про нову збірку геному людини (https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.abj6987);
    2. Та про те, як вона впливає на аналіз мінливостей (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl3533).

    ✍️ Попри те, що геном людини був прочитаний ще у 2001 році й ця послідовність вдосконалювалась та використовувалась у всіх популяційних та генетико-медичних проєктах, він був фрагментований (майже 1000 контігів), та на 8% не закінчений (невідомі послідовності у subtelomeric and pericentromeric regions, недавні сегментні дуплікації, rDNA та ін.). Лише останніми роками технології ultralong sequencing reads (Oxford Nanopore and PacBio HIFI) дозволили прочитати довгі послідовності та “перестрибнути” через повтори та складні ділянки. Ще одною складовою успіху стало вдосконалення алгоритмів збірки геному основаних на string graphs (граф стрічок).

    ⌛️ Коли: завтра, 16.04.22, о 18:00 за Київським часом (або 11:00 за EDT часом)
    📍 Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/87909000046?pwd=ZWhCNzZxZm56SUlUKy85N21aUzVHUT09)

    подивитися запис
  • Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    ✌️Усім привіт!

    🙃Ми дуже давно з вами не бачилися й, чесно кажучи, дуже за вами скучили!
    Однак, є чудовий привід виправити це, а заодно й поговорити про статистичне моделювання клітинної диференціації.
    🧑‍💻На лекції ми розглянемо теоретичні основи різних методи сатистичного моделювання та покажемо приклад на мовах програмування R і Python.

    🇬🇧Мова події: англійська
    🧑‍🏫Лектори: Валерія Васильєва та Ігор Ареф’єв
    📅Коли: 20.11.2021 19:00 (Київ)
    📍Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82407615516?pwd=U1BUSzNpT2RldC91dm1GNmw3c0trdz09)
    📌Подія у Facebook: https://fb.me/e/1EMzbgQHQ

    подивитися запис
  • Візуалізація даних

    Візуалізація даних

    Всім привіт✌️
    У нас тут знову намічається зустріч!

    💻 Запрошуємо усіх на вебінар, де ми обговоримо теорію статичної візуалізації даних та розглянемо практичні приклади на мовах програмування R та Python.

    📝 План заходу:
    1. Теорія та практика;
    2. Бібліотеки Python: matplotlib та seaborn;
    3. Бібліотека R: ggplot2.

    🧑‍🏫 Лектори:
    Марина Коршевнюк — PhD candidate, University Medical Center Groningen.
    Дмитро Казанжи — Data analyst, National Health Service of Ukraine.
    Олександр Петренко — PhD Student, Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases.

    📅 Коли: 22 липня 2021, 19:00 (Київ)

    🌎Де: Zoom
    (https://us02web.zoom.us/j/82769997848?pwd=ZkdhUEtBQzB3M3puVlhHcHBBTFdGQT09)

    🗓Додати до календаря: https://calendar.google.com/event?action=TEMPLATE&tmeid=MGo3ZWFndXNodWw5YjRpbGtxMjVkZ3Njam0gZ2Vub21pY3N1YS5vcmdAbQ&tmsrc=genomicsua.org%40gmail.com

    подивитися запис

  • Дорожня карта у біоінформатиці

    Дорожня карта у біоінформатиці

    З чого почати вивчення біоінформатики?

    Аби допомогти початківцям та студентам розпочати вивчення біоінформатики, ми узагальнили наш досвід та рекомендації у Roadmap до біоінформатики. Тут ви можете вибрати будь-який шлях та розпочати вивчати основні теми, необхідні для успіху в аналізі біологічних даних.

    Якщо ви хочете адаптувати для себе цей постер, сміливо копіюйте та редагуйте його версію draw.io.

    А якщо ви досвідчений біоінформатик, ми будемо надзвичайно раді вашому внеску у вдосконалення та завершення цієї візуалізації!

    Bioinformatics roadmapDownload
  • Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.
    Лекція буде присвячена еволюційній біології, а саме взаємодії навколишнього середовища та організму.
    ❓Як живі організми стали такими, якими ми їх знаємо сьогодні?
    ❓Як функції та фенотипи змінюються з часом?
    ❓Як зміни генотипу впливають на пристосованість?
    ❓Як у всьому Цьому допомагає обчислювальна біологія?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.
    👨‍🏫 Лектор: професор Федір Кондрашов, IST Austria.
    📅 Дата: 28.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення (https://us02web.zoom.us/j/88498182724?pwd=bTFnaWJNejZkemNLbnR0aXQrYkpwQT09):
    Лекція буде проводитися російською мовою і, за необхідності, організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    подивитися запис

  • Training course in single-cell biology

    Training course in single-cell biology

    Single-cell analysis is an extremely powerful tool to discover biological processes due to its high resolution and wide range of possibilities. So we decided to organize a short but in-depth course in this field. We would like to invite you to our practical course in single-cell biology to become familiar with core single-cell analysis methods.
    This course is a series of online events that highlight the theoretical basics of single-cell analysis. The program covers sample preparation, data processing, and workshops on different pipelines, including scRNAseq, scATACseq, TCR/BCR sequencing, CITEseq, and much more.

    Meeting days are:

    • Sunday, 4.04.2021
    • Monday, 5.04.2021
    • Wednesday, 7.04.2021
    • Friday, 9.04.2021
    • Saturday, 10.04.2021

    Each meeting starts at 18.00 CET and will take approximately 2-3 hours. The format of the event is Zoom-meeting with breakout-rooms if needed. All participants will be supplied with individual tasks, study materials, and instructions for hands-on sessions.

    Speakers:

    • Vladyslav Kavaka, MD candidate, LMU Munich
    • Maryna Korshevniuk, PhD Candidate, UMCG
    • Oleksandr Petrenko, Predoctoral Fellow, LBI-RUD / CeMM
    • Yuliya Syntikova, PhD, LifeMine Therapeutics

    Requirements:

    • Basic knowledge in cell and molecular biology;
    • Basic skills in R programming language;
    • No prior knowledge of single-cell analysis is required.

    Language: English

    Registration:
    To register for the course in single-cell biology, please complete the following form: https://forms.gle/H3zXb1ofaSvZ3bKg8
    The deadline for registration is 31.03.2021.
    Detailed programs will be announced one week before the event. All participants will receive the mail with further instructions and study materials.

    подивитися запис