Хочемо запросити вас на семінар від наших друзів з Bioinformatics for Ukraine. Наступного четверга вони проводять зустріч, присвячену експресії генів. На ній буде про те, що таке транскриптоміка, в яких дослідженнях її застосовують, та чому вміння аналізувати транскриптомні дані відкриває багато кар’єрних можливостей

Розповідати про це буде Олександр Петренко, науковий співробітник Медичного університету Відня, співзасновник Геноміки ЮА та один з інструкторів курсу з аналізу даних РНК-секвенування.

Коли: 21-го березня, 7 вечора за Києвом.
Реєстрація: Google Spreadsheet. Зв’язок з організаторами: лінк.

Починається останній тиждень нашого курсу, де учасники будуть презентувати результати аналізу даних секвенування РНК. Як того набору даних, який ми аналізували разом (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE205555), так і тих, що відібрали учасники самостійно. Ми переконані, що ці навички допоможуть у пошуку роботи й для наукових проєктів. Разом з тим, ми відкрили доступ до платформи тестування, і перший учасник вже отримав сертифікат. Вітаємо Святослава!

За останній місяць ми переробили сайт і перенесли його на окремий сервер, а разом з тим впровадили GenomicsID. Це – єдиний логін на наші чинні та майбутні сервіси, які ми будемо додавати та розробляти. Наразі це ними є пошта на @genomics.org.ua та платформа для тестування. Якщо раптом комусь з учасників спільноти потрібна така адреса пошти для професійних цілей, можемо надати доступ в обмін на пожертву фонду “Повернись живим”. За бажанням, відправляйте скриншот свіжого донату разом зі своїм ім’ям на hello@genomics.org.ua

R – база! 📊
Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.

На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
➕ Навігація в Rstudio.
➕ Корисні стартові команди.
➕ Синтаксис R, типи та структури даних.
➕ Зберігання та завантаження файлів.
➕ Прості маніпуляції із даними.
➕ Петлі та галуження коду, написання функцій.
➕ Створення графічного відображення даних.
➕ Робота із пакетом tidyverse.

Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
Де: Zoom

(https://us02web.zoom.us/j/84767265916?pwd=dWoxbG0vdTU2V0ovUmMxcjJNKy9iUT09)Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео (https://www.youtube.com/watch?v=TFGYlKvQEQ4). Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.

Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE

🧬📘 Запрошуємо вас відвідати наступну зустріч Геноміки!
Сергій Науменко, вчений-біоінформатик, презентує свій посібник з біоінформатики українською мовою. Сергій обговорить його ключові елементи та проведе обмін думками з учасниками. Запрошена спікерка, редакторка Ольга Васильєва, просвітить учасників стосовно процесу підготовки посібника та поділиться досвідом перекладу з наукової на літературну мову.

Посібник у відкритому доступі: GitHub (https://github.com/naumenko-sa/bioinf_posibnyk_public/blob/main/bioinf_posibnyk.pdf)

На тих, хто відвідає зустріч, чекає унікальна можливість поглибити професійні знання у сфері біоінформатики, відкрити нові перспективи для кар’єрного росту та стати частиною наукової дискусії. А бонусом, наприкінці заходу ми зробимо великий анонс стосовно нашого наступного проєкту. Чекаємо на вас!

Коли: 15 липня 2023, 18:00 (Київ) / 11:00 (EST)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/81031555698?pwd=VmZXMXRQWkpNRER4NURpWFFrL3k2Zz09)

Git та Markdown

Використання системи керування версіями та розмітки є гарною практикою, в тому числі в обчислювальній біології та у розробці біоінформатичних інструментів. Але що це, чому вони настільки корисні, та як їх застосовувати максимально ефективно? Поспілкуємося на нашому семінарі наступного тижня.

Коли: 22 лютого о 18:00 (UTC+2 / Київ)
Спікери: Дмитро Казанжи та Олександр Петренко (від команди Геноміки ЮА)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82161794737?pwd=WXpCamdUSCtyM3NxeE9keHZsUzZ2UT09)

We are happy to announce our next webinar – a lecture by Shamil Sunyaev, professor at Harvard Medical School

Shamil is one of the world leaders in biomedical genomics.
Shamil Sunyaev’s research group is famous for its research in the population and medical genomics, especially in studying the origin, inheritance, and manifestation of genetic variants.
Shamil’s group has developed tools such as PolyPhen, SNPtrack, and others that are used widely.

Language: English
Lecturer: Shamil Sunyaev
(http://genetics.bwh.harvard.edu/wiki/sunyaevlab/)When: June 30, 11:00 EDT, 18:00 EEST
Where: Online (zoom link (https://us02web.zoom.us/j/81009140061?pwd=YYyVMmPpRlTTN12dR4_b9kwcuqgg4t.1))

Всім привіт. Цієї суботи ми зустрінемося, щоб поговорити про секвенування РНК (RNA-seq).

Використання даних RNA-seq допомагає встановити молекулярний діагноз, зокрема при нервово-м’язових дистрофіях.

Під час зустрічі Сергій Науменко розгляне декілька статей за цим напрямом, включно зі статтею (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30827497), в якій він зробив внесок як один з перших авторів.

Коли: 11 червня о 17:00 (Київ)
Лектор: Сергій Науменко (http://t.me/naumenko_sa), PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82716113736?pwd=aDNoL2RoNW1GajVOazJkS082ZFc3Zz09)

Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
А ще поговоримо про безліч інструментів:

• пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
• анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
• пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

Лектор: Сергій Науменко
Де: онлайн (посилання на Zoom (https://us02web.zoom.us/j/88981733385?pwd=cjN5TnB2QlVleHkvNlp2OFc3a3ZHQT09))
Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

✌️Усім привіт!

🙃Ми дуже давно з вами не бачилися й, чесно кажучи, дуже за вами скучили!
Однак, є чудовий привід виправити це, а заодно й поговорити про статистичне моделювання клітинної диференціації.
🧑‍💻На лекції ми розглянемо теоретичні основи різних методи сатистичного моделювання та покажемо приклад на мовах програмування R і Python.

🇬🇧Мова події: англійська
🧑‍🏫Лектори: Валерія Васильєва та Ігор Ареф’єв
📅Коли: 20.11.2021 19:00 (Київ)
📍Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82407615516?pwd=U1BUSzNpT2RldC91dm1GNmw3c0trdz09)
📌Подія у Facebook: https://fb.me/e/1EMzbgQHQ