Tag: Практичні зустрічі

R – база! 📊
Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти.

На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне:
➕ Навігація в Rstudio.
➕ Корисні стартові команди.
➕ Синтаксис R, типи та структури даних.
➕ Зберігання та завантаження файлів.
➕ Прості маніпуляції із даними.
➕ Петлі та галуження коду, написання функцій.
➕ Створення графічного відображення даних.
➕ Робота із пакетом tidyverse.

Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET)
Де: Zoom

(https://us02web.zoom.us/j/84767265916?pwd=dWoxbG0vdTU2V0ovUmMxcjJNKy9iUT09)Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео (https://www.youtube.com/watch?v=TFGYlKvQEQ4). Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи.

Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE

Git та Markdown

Використання системи керування версіями та розмітки є гарною практикою, в тому числі в обчислювальній біології та у розробці біоінформатичних інструментів. Але що це, чому вони настільки корисні, та як їх застосовувати максимально ефективно? Поспілкуємося на нашому семінарі наступного тижня.

Коли: 22 лютого о 18:00 (UTC+2 / Київ)
Спікери: Дмитро Казанжи та Олександр Петренко (від команди Геноміки ЮА)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82161794737?pwd=WXpCamdUSCtyM3NxeE9keHZsUzZ2UT09)

Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
А ще поговоримо про безліч інструментів:

• пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
• анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
• пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

Лектор: Сергій Науменко
Де: онлайн (посилання на Zoom (https://us02web.zoom.us/j/88981733385?pwd=cjN5TnB2QlVleHkvNlp2OFc3a3ZHQT09))
Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

Всім привіт✌️
У нас тут знову намічається зустріч!

💻 Запрошуємо усіх на вебінар, де ми обговоримо теорію статичної візуалізації даних та розглянемо практичні приклади на мовах програмування R та Python.

📝 План заходу:
1. Теорія та практика;
2. Бібліотеки Python: matplotlib та seaborn;
3. Бібліотека R: ggplot2.

🧑‍🏫 Лектори:
Марина Коршевнюк — PhD candidate, University Medical Center Groningen.
Дмитро Казанжи — Data analyst, National Health Service of Ukraine.
Олександр Петренко — PhD Student, Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases.

📅 Коли: 22 липня 2021, 19:00 (Київ)

🌎Де: Zoom
(https://us02web.zoom.us/j/82769997848?pwd=ZkdhUEtBQzB3M3puVlhHcHBBTFdGQT09)

🗓Додати до календаря: https://calendar.google.com/event?action=TEMPLATE&tmeid=MGo3ZWFndXNodWw5YjRpbGtxMjVkZ3Njam0gZ2Vub21pY3N1YS5vcmdAbQ&tmsrc=genomicsua.org%40gmail.com

У вересні відбулись два семінара по введенню в машинне навчання від Jenya Sidyakin та про основи бібліотеки Pandas від Dmytro Kazanzhy.

Біоінформатика існує, щоб знаходити відповіді на біологічні питання, котрі неможливо розв’язати лабораторними методами. Одне з таких питань — точне визначення фенотипових різниць у біологічних зразках. Як виокремити пацієнтів, котрим допоможуть нові ліки? Як клітини реагують на подразник або на гормон? Які метаболічні шляхи активуються при загоєнні ран?

Відповідями на ці питання займається транскриптоміка та її базові методи: Differential Gene Expression та Gene Set Enrichment Analysis. Цими методами ми можемо отримати різницю між обраними фенотипами за результатами їх РНК-секвенування. На лекції ви зможете більше дізнатися про те, як правильно аналізувати дані генної експресії для визначення диференційної експресії.

Лектор: Олександр Шинкаренко, співзасновник HTuO Biosciences, співзасновник Genomics UA.
Дата: 26.12.2020
Час: 20:00 (по Києву)
Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/83799185308?pwd=RDVYekcyK1paZUpkTkpMRVlqc29odz09)

Під керуванням Юлії Ситнікової завантажили дані RNA-Seq з бази NCI Genomic Data Commons та практикувалися з аналізом експресії генів.

Якщо ви бажаєте повторити аналіз самостійно, вам буде потрібно:

* R версії 3.5.x;
* встановлену RStudio;
* встановлені бібліотеки для RStudio: DESeq2, gplots, RColorBrewer, genefilter.