Category: Проєкти

  • Учасники Геноміки ЮА на BioGENext

    Учасники Геноміки ЮА на BioGENext

    Частина учасників спільноти Геноміки ЮА на конференції BioGENext (https://t.me/GenomicsUA/214) в Києві.

    Приходьте послухати доповіді учасників й подивитися постери цими днями 🙂

    Фото: Soniia Hatych (http://t.me/tewtydry)

  • Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

    Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

    Фото: частина учасників спільноти Геноміки ЮА та BioInUA (http://t.me/bioinua), які взяли участь в Eastern European Bioinformatics and Computational Genomics School.

    7-20 липня в Ужгороді відбувається Biological Data Science Summer School, тож запрошуємо ділитися враженнями і фотографіями з обох заходів в чаті (http://t.me/bioinformaticsua).

  • AlphaMissense

    AlphaMissense

    🧬 Запрошуємо на наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА!

    Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://doi.org/10.1126/science.adg7492].
    ✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використанні структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.
    — Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі

    ⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST)
    📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09
    🔬 Тема обговорення:

    • Використання AlphaMissense для ідентифікації патогенних міссенс-мутацій.
    • Перспективи використання AlphaMissense в молекулярній біології та генетиці.

    Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!

  • Зустріч: посібник з біоінформатики українською мовою

    Зустріч: посібник з біоінформатики українською мовою

    🧬📘 Запрошуємо вас відвідати наступну зустріч Геноміки!
    Сергій Науменко, вчений-біоінформатик, презентує свій посібник з біоінформатики українською мовою. Сергій обговорить його ключові елементи та проведе обмін думками з учасниками. Запрошена спікерка, редакторка Ольга Васильєва, просвітить учасників стосовно процесу підготовки посібника та поділиться досвідом перекладу з наукової на літературну мову.

    Посібник у відкритому доступі: GitHub (https://github.com/naumenko-sa/bioinf_posibnyk_public/blob/main/bioinf_posibnyk.pdf)

    На тих, хто відвідає зустріч, чекає унікальна можливість поглибити професійні знання у сфері біоінформатики, відкрити нові перспективи для кар’єрного росту та стати частиною наукової дискусії. А бонусом, наприкінці заходу ми зробимо великий анонс стосовно нашого наступного проєкту. Чекаємо на вас!

    Коли: 15 липня 2023, 18:00 (Київ) / 11:00 (EST)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/81031555698?pwd=VmZXMXRQWkpNRER4NURpWFFrL3k2Zz09)

  • T2T-CHM13 human genome assembly

    T2T-CHM13 human genome assembly

    👋 Привіт, Геноміко!

    🧬 Наш новий учасник спільноти, Сергій Науменко (https://bioinformatics.bwh.harvard.edu/staff-member/sergey-naumenko-phd/) (PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health), запропонував зустрітися та оговорити дві статті:

    1. Про нову збірку геному людини (https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.abj6987);
    2. Та про те, як вона впливає на аналіз мінливостей (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl3533).

    ✍️ Попри те, що геном людини був прочитаний ще у 2001 році й ця послідовність вдосконалювалась та використовувалась у всіх популяційних та генетико-медичних проєктах, він був фрагментований (майже 1000 контігів), та на 8% не закінчений (невідомі послідовності у subtelomeric and pericentromeric regions, недавні сегментні дуплікації, rDNA та ін.). Лише останніми роками технології ultralong sequencing reads (Oxford Nanopore and PacBio HIFI) дозволили прочитати довгі послідовності та “перестрибнути” через повтори та складні ділянки. Ще одною складовою успіху стало вдосконалення алгоритмів збірки геному основаних на string graphs (граф стрічок).

    ⌛️ Коли: завтра, 16.04.22, о 18:00 за Київським часом (або 11:00 за EDT часом)
    📍 Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/87909000046?pwd=ZWhCNzZxZm56SUlUKy85N21aUzVHUT09)

  • Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    ✌️Усім привіт!

    🙃Ми дуже давно з вами не бачилися й, чесно кажучи, дуже за вами скучили!
    Однак, є чудовий привід виправити це, а заодно й поговорити про статистичне моделювання клітинної диференціації.
    🧑‍💻На лекції ми розглянемо теоретичні основи різних методи сатистичного моделювання та покажемо приклад на мовах програмування R і Python.

    🇬🇧Мова події: англійська
    🧑‍🏫Лектори: Валерія Васильєва та Ігор Ареф’єв
    📅Коли: 20.11.2021 19:00 (Київ)
    📍Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82407615516?pwd=U1BUSzNpT2RldC91dm1GNmw3c0trdz09)
    📌Подія у Facebook: https://fb.me/e/1EMzbgQHQ

  • Genome diversity in Ukraine

    Genome diversity in Ukraine

    На зустрічі клубу ми обговоримо статтю: Genome diversity in Ukraine (https://www.biorxiv.org/…/10.1101/2020.08.07.238329v3.fullhttps://academic.oup.com/gig…/article/10/1/giaa159/6079618)

    Коли: 13 лютого 2021 о 20:00 (київський час)
    Де: Zoom, (трансляція на YouTube-каналі)
    Zoom: https://us02web.zoom.us/j/89203507486…
    YouTube: https://youtu.be/LW6io55loaw

    План події:
    Огляд статті – 40 хв (Валерій Покритюк, доповідач, SteelKiwi)
    Технічні коментарі – 5-10 хв (Вальтер Вольфсбергер, Bioinformatician, Oakland University)
    Завершальне слово – 5-10 хв (Тарас Олексик, PI, Oakland University)
    Питання-відповіді – 20 хв (усі учасники)
    Неформальне спілкування – 20-30 хв (усі учасники)

    Biomedical Journal Club – це проєкт громадської організації “Геноміка ЮА”. Під час журнального клубу один учасник доповідає про обрану наукову статтю, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації ми переходимо до неформального спілкування.
    Щоб бути в курсі всіх наших подій, забудьте підписатися на нашу сторінку Facebook (fb.me/GenomicsUA) та YouTube-канал (youtube.com/ngoGenomicsUA)

    * Що таке журнальний клуб?
    — Це формат, який працює в багатьох інститутах та лабораторіях по всьому світу: доповідач презентує статтю та додаткову інформацію, необхідну для її розуміння, аналізує експериментальну частину, переваги та недоліки. Після цього учасники зустрічі оговорюють статтю. Узагалі, це гарний спосіб навчитися новому, дізнатися про інші напрями, познайомитися з новими людьми.

    * Як мені підготуватися для зустрічі?
    — Дуже рекомендується прочитати саму статтю та подивитися ілюстрації. Це допоможе визначити запитання та теми для дискусії. Якщо тема для вас є новою чи складною, рекомендовано ознайомитися з базовими поняттями. Якщо вам потрібна рекомендація, що прочитати на певну тему, запитайте в нас!

    * Як мені приєднатися та ставити запитання?
    — Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), завантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події. Якщо є змога, приєднуйтеся з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо у вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх у чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитеся нас на YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.

    * Мені сподобалося / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
    — Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.

  • Нетворкінг з NextStep Science

    Нетворкінг з NextStep Science

    Запрошуємо всіх бажаючих до нетворкінгу з учасниками NextStep Science (http://nextstepscience.org/) — громадської організації, що організовує нетворкінг-івенти та кар’єрні заходи для студентів і випускників природничих наук.

    Ми почнемо з невеличкого “квізу” на платформі Sli.do, щоб зрозуміти чим хто займається та які теми цікавлять аудиторію події.
    Потім в ми розділимось на кімнати по 2-3 людини, де у кожного буде 5 хвилин на те щоб поспілкуватись і познайомитися один з одним. Ця процедура буде повторена тричі.
    Після цього ми розділимось на ~2 окремі кімнати, де будемо обговорювати наперед підготовлену організаторами тему.
    А наприкінці події кожен зможе поспілкуватись один з одним в окремих кімнатах.


    👨‍🔬👩‍🔬Це чудова нагода познайомитись із новими людьми, які так само захоплені наукою та технологіями.
    🇬🇧🖖Офіційні мови спілкування: англійська та клінгонська.
    🌎Де: Zoom
    (https://zoom.us/j/94145503186)📅Коли: 7 лютого 2021 о 19:00 (UTC+02)
    Щоб отримати турботливе нагадування, ось подія в ФБ (https://fb.me/e/USSZA6fv).

  • ATAC-me і перепрограмування клітин

    ATAC-me і перепрограмування клітин

    Biomedical Journal Club – це проєкт громадської організації “Геноміка ЮА”. Під час журнального клубу один учасник доповідає про обрану наукову статтю, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації відбувається неформальне спілкування та нетворкінг.

    + На цій зустрічі ми обговоримо статтю:
    Barnett K.R. et al. ATAC-Me Captures Prolonged DNA Methylation of Dynamic Chromatin Accessibility Loci during Cell Fate Transitions
    https://www.cell.com/molec…/fulltext/S1097-2765(20)30004-6
    + Доповідач: Іван Берест, PhD студент в European Molecular Biology Laboratory, біоінформатик (https://twitter.com/jambocurious).
    + Коли: 22 квітня 2020 о 19:00 (київський час).
    + Де: онлайн. Ми робимо дзвінок-конференцію в Zoom, до якого може приєднатися кожен. Там доповідач транслює презентацію, можна ставити питання та брати участь у дискусії. Якщо в вас немає змоги приєднатися через Zoom, ми робимо трансляцію (крім неформальної частини та нетворкінгу) на нашому YouTube-каналі.
    Zoom: https://us02web.zoom.us/j/84990970614… | Meeting ID: 849 9097 0614 | Password: genomicsua
    YouTube: https://youtu.be/Jc0g3EuXSBU

    FAQ:
    — Що таке журнальний клуб?
    — Це формат, який працює в багатьох інститутах та лабораторіях по всьому світу: доповідач презентує статтю та додаткову інформацію, необхідну для її розуміння, аналізує експериментальну частину, переваги та недоліки. Після цього учасники зустрічі оговорюють статтю. Взагалі, це гарний спосіб навчитися новому, дізнатися про інші напрями, познайомитися з новими людьми.

    — Як мені підготуватися для зустрічі?
    — Дуже рекомендується прочитати саму статтю та подивитися ілюстрації. Це допоможе визначити запитання та теми для дискусії. Якщо тема для вас є новою чи складною, рекомендовано ознайомитися з базовими поняттями. Якщо вам потрібна рекомендація, що прочитати на певну тему, запитайте нас!

    — Як мені приєднатися та ставити запитання?
    — Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), звантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події та ввести приведений пароль. Чи просто ввести meeting ID та пароль, якщо ви вже встановили та відкрили програму. Якщо є змога, приєднуйтесь з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо в вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх в чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитесь нас через YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.

    — Мені сподобалось / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
    — Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.
    Не забудьте підписатися на нашу сторінку Facebook:
    https://www.facebook.com/GenomicsUA
    На наш YouTube-канал:
    https://www.youtube.com/ngogenomicsua
    Та на локальне представництво організації:
    Київ: https://www.facebook.com/kyivbioinformatics/
    Одеса: https://www.facebook.com/odesabioinformatics/
    В разі запитань, зв’яжіться з нами будь-яким з цих способів.

  • Бактеріальні нуклеотиди та метод рідинної хроматографії

    Бактеріальні нуклеотиди та метод рідинної хроматографії

    Відкриті лекції від ГО “Геноміка ЮА” — це формат, в якому запрошені фахівці розповідають про свій проєкт, чи про науковий напрям, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації відбувається неформальне спілкування та нетворкінг.

    + Темою цієї лекції стане вивчення бактеріальних нуклеотидів за допомогою методу високоефективної рідинної хроматографії (ВРХ). На зустрічі лекторка представить статтю про застосування методу ВРХ в сучасних наукових дослідженнях та розповість про базові принципи роботи з хроматографом.
    Посилання на статтю:
    https://www.nature.com/articles/s41598-017-10988-6
    + Доповідачка: Tatyana Brodiazhenko, PhD-студентка в University of Tartu (Estonia) і assistant researcher в Umeå University (Sweden).
    + Коли: 30.04.2020 о 19:00 (за київським часом).
    + Де: онлайн. Ми робимо дзвінок-конференцію в Zoom, до якого може приєднатися кожен. Там доповідач транслює презентацію, можна ставити питання та брати участь у дискусії. Якщо в вас немає змоги приєднатися через Zoom, ми робимо трансляцію (крім неформальної частини та нетворкінгу) на нашому YouTube-каналі.
    Zoom: Meeting ID: 828 8853 5621, Password: genomicsua
    https://us02web.zoom.us/j/82888535621?pwd=S1BSMmxLK1F0UHFzRGEzMUhBajFnUT09
    YouTube: https://youtu.be/A3N1lkSQV4I

    FAQ:
    — Як мені приєднатися та ставити запитання?
    — Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), звантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події та ввести приведений пароль. Чи просто ввести meeting ID та пароль, якщо ви вже встановили та відкрили програму. Якщо є змога, приєднуйтесь з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо в вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх в чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитесь нас через YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.— Мені сподобалось / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
    — Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.
    Не забудьте підписатися на наші сторінки Facebook:
    https://www.facebook.com/GenomicsUA
    https://www.facebook.com/BioinformaticsUA
    На наш YouTube-канал:
    https://www.youtube.com/ngogenomicsua
    В разі запитань, зв’яжіться з нами будь-яким з цих способів.