🧬 Запрошуємо на наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА!

Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://doi.org/10.1126/science.adg7492].
✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використанні структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.
— Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі

⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST)
📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09
🔬 Тема обговорення:

• Використання AlphaMissense для ідентифікації патогенних міссенс-мутацій.
• Перспективи використання AlphaMissense в молекулярній біології та генетиці.

Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!

👋 Привіт, Геноміко!

🧬 Наш новий учасник спільноти, Сергій Науменко (https://bioinformatics.bwh.harvard.edu/staff-member/sergey-naumenko-phd/) (PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health), запропонував зустрітися та оговорити дві статті:

1. Про нову збірку геному людини (https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.abj6987);
2. Та про те, як вона впливає на аналіз мінливостей (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl3533).

✍️ Попри те, що геном людини був прочитаний ще у 2001 році й ця послідовність вдосконалювалась та використовувалась у всіх популяційних та генетико-медичних проєктах, він був фрагментований (майже 1000 контігів), та на 8% не закінчений (невідомі послідовності у subtelomeric and pericentromeric regions, недавні сегментні дуплікації, rDNA та ін.). Лише останніми роками технології ultralong sequencing reads (Oxford Nanopore and PacBio HIFI) дозволили прочитати довгі послідовності та “перестрибнути” через повтори та складні ділянки. Ще одною складовою успіху стало вдосконалення алгоритмів збірки геному основаних на string graphs (граф стрічок).

⌛️ Коли: завтра, 16.04.22, о 18:00 за Київським часом (або 11:00 за EDT часом)
📍 Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/87909000046?pwd=ZWhCNzZxZm56SUlUKy85N21aUzVHUT09)

✌️Усім привіт!

🙃Ми дуже давно з вами не бачилися й, чесно кажучи, дуже за вами скучили!
Однак, є чудовий привід виправити це, а заодно й поговорити про статистичне моделювання клітинної диференціації.
🧑‍💻На лекції ми розглянемо теоретичні основи різних методи сатистичного моделювання та покажемо приклад на мовах програмування R і Python.

🇬🇧Мова події: англійська
🧑‍🏫Лектори: Валерія Васильєва та Ігор Ареф’єв
📅Коли: 20.11.2021 19:00 (Київ)
📍Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82407615516?pwd=U1BUSzNpT2RldC91dm1GNmw3c0trdz09)
📌Подія у Facebook: https://fb.me/e/1EMzbgQHQ

Biomedical Journal Club – це проєкт громадської організації “Геноміка ЮА”. Під час журнального клубу один учасник доповідає про обрану наукову статтю, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації відбувається неформальне спілкування та нетворкінг.

+ На цій зустрічі ми обговоримо статтю:
Barnett K.R. et al. ATAC-Me Captures Prolonged DNA Methylation of Dynamic Chromatin Accessibility Loci during Cell Fate Transitions
https://www.cell.com/molec…/fulltext/S1097-2765(20)30004-6
+ Доповідач: Іван Берест, PhD студент в European Molecular Biology Laboratory, біоінформатик (https://twitter.com/jambocurious).
+ Коли: 22 квітня 2020 о 19:00 (київський час).
+ Де: онлайн. Ми робимо дзвінок-конференцію в Zoom, до якого може приєднатися кожен. Там доповідач транслює презентацію, можна ставити питання та брати участь у дискусії. Якщо в вас немає змоги приєднатися через Zoom, ми робимо трансляцію (крім неформальної частини та нетворкінгу) на нашому YouTube-каналі.
Zoom: https://us02web.zoom.us/j/84990970614… | Meeting ID: 849 9097 0614 | Password: genomicsua
YouTube: https://youtu.be/Jc0g3EuXSBU

FAQ:
— Що таке журнальний клуб?
— Це формат, який працює в багатьох інститутах та лабораторіях по всьому світу: доповідач презентує статтю та додаткову інформацію, необхідну для її розуміння, аналізує експериментальну частину, переваги та недоліки. Після цього учасники зустрічі оговорюють статтю. Взагалі, це гарний спосіб навчитися новому, дізнатися про інші напрями, познайомитися з новими людьми.

— Як мені підготуватися для зустрічі?
— Дуже рекомендується прочитати саму статтю та подивитися ілюстрації. Це допоможе визначити запитання та теми для дискусії. Якщо тема для вас є новою чи складною, рекомендовано ознайомитися з базовими поняттями. Якщо вам потрібна рекомендація, що прочитати на певну тему, запитайте нас!

— Як мені приєднатися та ставити запитання?
— Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), звантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події та ввести приведений пароль. Чи просто ввести meeting ID та пароль, якщо ви вже встановили та відкрили програму. Якщо є змога, приєднуйтесь з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо в вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх в чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитесь нас через YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.

— Мені сподобалось / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
— Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.
Не забудьте підписатися на нашу сторінку Facebook:
https://www.facebook.com/GenomicsUA
На наш YouTube-канал:
https://www.youtube.com/ngogenomicsua
Та на локальне представництво організації:
Київ: https://www.facebook.com/kyivbioinformatics/
Одеса: https://www.facebook.com/odesabioinformatics/
В разі запитань, зв’яжіться з нами будь-яким з цих способів.

Відкриті лекції від ГО “Геноміка ЮА” — це формат, в якому запрошені фахівці розповідають про свій проєкт, чи про науковий напрям, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації відбувається неформальне спілкування та нетворкінг.

+ Темою цієї лекції стане вивчення бактеріальних нуклеотидів за допомогою методу високоефективної рідинної хроматографії (ВРХ). На зустрічі лекторка представить статтю про застосування методу ВРХ в сучасних наукових дослідженнях та розповість про базові принципи роботи з хроматографом.
Посилання на статтю:
https://www.nature.com/articles/s41598-017-10988-6
+ Доповідачка: Tatyana Brodiazhenko, PhD-студентка в University of Tartu (Estonia) і assistant researcher в Umeå University (Sweden).
+ Коли: 30.04.2020 о 19:00 (за київським часом).
+ Де: онлайн. Ми робимо дзвінок-конференцію в Zoom, до якого може приєднатися кожен. Там доповідач транслює презентацію, можна ставити питання та брати участь у дискусії. Якщо в вас немає змоги приєднатися через Zoom, ми робимо трансляцію (крім неформальної частини та нетворкінгу) на нашому YouTube-каналі.
Zoom: Meeting ID: 828 8853 5621, Password: genomicsua
https://us02web.zoom.us/j/82888535621?pwd=S1BSMmxLK1F0UHFzRGEzMUhBajFnUT09
YouTube: https://youtu.be/A3N1lkSQV4I

FAQ:
— Як мені приєднатися та ставити запитання?
— Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), звантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події та ввести приведений пароль. Чи просто ввести meeting ID та пароль, якщо ви вже встановили та відкрили програму. Якщо є змога, приєднуйтесь з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо в вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх в чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитесь нас через YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.— Мені сподобалось / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
— Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.
Не забудьте підписатися на наші сторінки Facebook:
https://www.facebook.com/GenomicsUA
https://www.facebook.com/BioinformaticsUA
На наш YouTube-канал:
https://www.youtube.com/ngogenomicsua
В разі запитань, зв’яжіться з нами будь-яким з цих способів.

На зустрічі біомедичного журнального клубу ми обговоримо статтю:
𝗧𝗵𝗲 𝘀𝗶𝗻𝗴𝗹𝗲-𝗰𝗲𝗹𝗹 𝗽𝗮𝘁𝗵𝗼𝗹𝗼𝗴𝘆 𝗹𝗮𝗻𝗱𝘀𝗰𝗮𝗽𝗲 𝗼𝗳 𝗯𝗿𝗲𝗮𝘀𝘁 𝗰𝗮𝗻𝗰𝗲𝗿
(https://www.nature.com/articles/s41586-019-1876-x)

Презентацію по статті підготовить Maryna Korshevniuk – студентка в Max Delbrück Center for Molecular Medicine in the Helmholtz Association. В сферу інтересів лекторки входить 𝘚𝘪𝘯𝘨𝘭𝘦-𝘤𝘦𝘭𝘭 𝘵𝘦𝘤𝘩𝘯𝘰𝘭𝘰𝘨𝘪𝘦𝘴 та мультиоміка.

Коли: 2 лютого 2020 о 20:00
Де: online, https://www.youtube.com/watch?v=9_qzQ7uuTQ0

UPD: Щойно ми відкрили доступ до запису зустрічі.

У разі запитань чи уточнень щодо доповіді, ви можете звернутися безпосередньо до лекторів (Олександр Шинкаренко та Валерія Телиженко), або написати коментар у соціальних мережах.

Приєднуйтесь до нас, щоб взяти участь у наступній зустрічі журнального клубу чи запропонувати наукову публікацію для огляду.
https://www.facebook.com/GenomicsUA/
https://www.t.me/GenomicsUA/

Анонс події

На черговій зустрічі біомедичного журнального клубу обговоримо Полногеномний пошук асоціацій (GWAS) поведінкових ознак на прикладі статті “Large-scale GWAS reveals insights into the genetic architecture of same-sex sexual behavior“.
Доповідачі: Alexander Shynkarenko та Valeria Telizhenko.

Посилання на трансляцію буде опубліковано в телеграм-каналі GenomicsUA

Матеріали для підготовки:

• “Genome-Wide Association Studies Fact Sheet“
• “GWAS и психогенетика: консорциумы в поисках ассоциаций“
• “How to Interpret a Genome-wide Association Study“
• “GWAS Suggests Same-Sex Sexual Behavior Is Polygenic“

Посилання на подію в ФБ.