Category: Проєкти

  • Лекція: Deep tech стартапи та як їх робити

    Лекція: Deep tech стартапи та як їх робити

    Лекція: Deep tech стартапи та як їх робити

    Давайте поговоримо про deep tech стартапи і те, як їх будувати.

    Більшість стартапів адаптують існуючі технології для вирішення існуючих проблем. Але є проблеми, які неможливо вирішити існуючими технологіями. Відповідно деякі компанії сфокусовані навколо розробки нових технологій задля розв’язання проблем, які поки ніхто не може вирішити. Це довгий та високоризиковий процес, що визначає всі інші аспекти побудови та розвитку таких компаній від підбору персоналу до пошуку інвестицій.


    🤝Я Алекс, співзасновник і колишній технічний директор deep tech стартапу HTuO Biosciences і я хочу розповісти про певні принципи й прийоми, які на мою думку, корисні при побудові deep tech стартапів.


    🎄Буду радий бачити вас на нашій зустрічі наступного року, а поки що бажаю вам веселих свят!

    Коли: 15 січня 2025, 19:00 за Києвом
    Де: https://meet.google.com/fkb-hssi-csx

  • Анонс курсу “ВСТУП В R ТА РНК-СЕКВЕНУВАННЯ: БІОЛОГІЯ ПООДИНОКИХ КЛІТИН ТА ПРОСТОРОВА БІОЛОГІЯ”

    Анонс курсу “ВСТУП В R ТА РНК-СЕКВЕНУВАННЯ: БІОЛОГІЯ ПООДИНОКИХ КЛІТИН ТА ПРОСТОРОВА БІОЛОГІЯ”

    Вітаємо спільноту Геноміки ЮА!

    На початку 2025 року наша команда проведе новий освітній курс. Цей курс є частиною великої програми LifeSciencesCourse, яку профінансували DAAD, і яку координують наші колеги з кафедри біохімії та біотехнології ПНУ та Universität Tübingen.

    Цей практичний онлайн-курс є продовженням напрямку, який ми викладали у 24-му році на цій ініціативі (транскриптоміка). На цей раз ми сфокусуємося на більш просунутих методах й аналізі їх даних, а саме: транскриптоміка поодиноких клітин (single-cell RNA-sequencing), просторова біологія (spatial biology / transcriptomics) та мультиоміка. На курсі будуть два модулі: перший для тих, хто хотів би опанувати R для аналізу біологічних (і не тільки) даних; другий по біоінформатичному аналізу даних. Оскільки курс буде практичним, від учасників очікується проходження матеріалу паралельно з інструкторами. Інструктори представлені як командою Геноміки ЮА, так і запрошеними фахівцями з академії та індустрії України, ЄС та США.

    Курс орієнтований на студентів та аспірантів, хоча участь з інших кар’єрних рівнів не обмежується. Попереднього знання або навичок в R або в темах, які описані вище, не потребується; успішне завершення курсу можливо завдяки опрацюванню матеріалів та порад, отриманих під час курсу. За успішне проходження* курсу учасники можуть отримати наступні сертифікати:

    • Від LifeScienceCourse на 2 ECTS;
    • Від Геноміки ЮА за проходження тестування модуля 2 на 70%+;
    • Від Геноміки ЮА за виконання опціонального групового курсового проєкту.

    * успішне проходження передбачає активну участь на курсі та успішне і вчасне проходження тестування. Просто присутність без активності не є критерієм проходження курсу. Критерії для сертифіката LifeSciencesCourse ви можете подивитися на їх сайті під час реєстрації на курс.

    Завдяки фінансуванню DAAD, 18 студентів або аспірантів, які постраждали в наслідок війни й успішно пройдуть курс, можуть отримати стипендії по €400. Деталі про стипендії також можна почитати при реєстрації.

    Ми запрошуємо усіх охочих реєструватися на курс й бажаємо успішного кар’єрного розвитку у 2025-му році.

    Сторінка курсу на сайті LifeSciencesCourse (реєстрація, програма): http://lifesciencescourse.org/vstup-do-r-ta-rnk-sekvenuvannya. Також закликаємо передивитися їх інші курси 2025-го року.
    Реєстрація: на сайті LifeSciencesCourse до 2025-01-10.

  • lifesciencecource

    СПІВПРАЦЯ З lifesciencecourse.org

    Вступ в R та РНК-секвенування: біологія поодиноких клітин та просторова біологія (2025)

    Реєстрацію на курс розпочато! (2024-12)

    Новини щодо курсу на нашому сайті: тут.

    РНК-секвенування: аналіз даних в R (2024)

    • Це перша подія, проведена в Google Workspace.
    • Захист групових робіт був відкритий для всієї спільноти через YouTube трансляцію.
  • Educational projects

    ОСВІТНІ ЗАХОДИ


    Викладаємо у співпраці з lifesciencecourse

    Студенти-початківці в біоінформатиці мають нагоду здобути навички в програмуванні та аналізі біологічних даних, отримати навчальний кредит та фінансову підтримку з огляду на скрутне становище через війну.

    Практичний курс з біології поодиноких клітин (2021)

    Короткий курс є серією онлайн-подій, які висвітлюють теоретичні основи аналізу поодиноких клітин. Програма охоплює підготовку зразків, обробку даних і семінари з різних пайплайнів, включаючи scRNAseq, scATACseq, секвенування TCR/BCR, CITEseq та багато іншого.

    Наставляємо молодих науковців

    Експрес-курс, де розглядаються ключові аспекти вступу на навчальні програми та пошук роботи в біомедичній сфері.

    Практичні зустрічі

    Буває, очі розбігаються від кількості туторіалів в інтернеті! А буває, навчального матеріалу не вистачає… Члени Геноміка ЮА підтримують зростаюче покоління біоінформатиків і радо діляться навичками із колегами.

    Лекції від фахівців

    Біоінформатика блискавично поповнюється новими методами й напрямками досліджень. Наша спільнота слідкує за актуальними темами через спілкування із запрошеними фахівцями з передових областей.

    Збагачуємо український біоінформатичний словник

    Чітке визначення ключових понять є основою взаєморозуміння й ефективної співпраці. Кожен може долучитися до впровадження найвлучніших українських відповідників до біоінформатичних термінів.

    Путівник

    Тут ми збираємо корисну інформацію для тих, хто хоче розвивати кар’єру у біоінформатиці.

  • Biomedical Journal Club

    БІОМЕДИЧНИЙ ЖУРНАЛЬНИЙ КЛУБ


    Mайбутні зустрічі

      Минулі зустрічі

      Maryna Korshevniuk, online
      Сергій Науменко, online
      Ihor Arefiev, Valeriia Vasylieva
      Валерій Покритюк, Вальтер Вольфсбергер, Тарас Олексик
      Тетяна Бродяженко
      Ivan Berest, online
      Valeriia Vasylieva, online
      Julia Sytnikova, online
      Maryna Korshevniuk, online
      Alexander Shynkarenko, Valeria Telizhenko, online
      offline

    • Учасники Геноміки ЮА на BioGENext

      Учасники Геноміки ЮА на BioGENext

      Частина учасників спільноти Геноміки ЮА на конференції BioGENext (https://t.me/GenomicsUA/214) в Києві.

      Приходьте послухати доповіді учасників й подивитися постери цими днями 🙂

      Фото: Soniia Hatych (http://t.me/tewtydry)

    • Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

      Учасники Геноміки ЮА на EEBG-24

      Фото: частина учасників спільноти Геноміки ЮА та BioInUA (http://t.me/bioinua), які взяли участь в Eastern European Bioinformatics and Computational Genomics School.

      7-20 липня в Ужгороді відбувається Biological Data Science Summer School, тож запрошуємо ділитися враженнями і фотографіями з обох заходів в чаті (http://t.me/bioinformaticsua).

    • AlphaMissense

      AlphaMissense

      🧬 Запрошуємо на наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА!

      Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://doi.org/10.1126/science.adg7492].
      ✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використанні структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.
      — Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі

      ⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST)
      📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09
      🔬 Тема обговорення:

      • Використання AlphaMissense для ідентифікації патогенних міссенс-мутацій.
      • Перспективи використання AlphaMissense в молекулярній біології та генетиці.

      Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!

    • Зустріч: посібник з біоінформатики українською мовою

      Зустріч: посібник з біоінформатики українською мовою

      🧬📘 Запрошуємо вас відвідати наступну зустріч Геноміки!
      Сергій Науменко, вчений-біоінформатик, презентує свій посібник з біоінформатики українською мовою. Сергій обговорить його ключові елементи та проведе обмін думками з учасниками. Запрошена спікерка, редакторка Ольга Васильєва, просвітить учасників стосовно процесу підготовки посібника та поділиться досвідом перекладу з наукової на літературну мову.

      Посібник у відкритому доступі: GitHub (https://github.com/naumenko-sa/bioinf_posibnyk_public/blob/main/bioinf_posibnyk.pdf)

      На тих, хто відвідає зустріч, чекає унікальна можливість поглибити професійні знання у сфері біоінформатики, відкрити нові перспективи для кар’єрного росту та стати частиною наукової дискусії. А бонусом, наприкінці заходу ми зробимо великий анонс стосовно нашого наступного проєкту. Чекаємо на вас!

      Коли: 15 липня 2023, 18:00 (Київ) / 11:00 (EST)
      Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/81031555698?pwd=VmZXMXRQWkpNRER4NURpWFFrL3k2Zz09)

    • T2T-CHM13 human genome assembly

      T2T-CHM13 human genome assembly

      👋 Привіт, Геноміко!

      🧬 Наш новий учасник спільноти, Сергій Науменко (https://bioinformatics.bwh.harvard.edu/staff-member/sergey-naumenko-phd/) (PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health), запропонував зустрітися та оговорити дві статті:

      1. Про нову збірку геному людини (https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.abj6987);
      2. Та про те, як вона впливає на аналіз мінливостей (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl3533).

      ✍️ Попри те, що геном людини був прочитаний ще у 2001 році й ця послідовність вдосконалювалась та використовувалась у всіх популяційних та генетико-медичних проєктах, він був фрагментований (майже 1000 контігів), та на 8% не закінчений (невідомі послідовності у subtelomeric and pericentromeric regions, недавні сегментні дуплікації, rDNA та ін.). Лише останніми роками технології ultralong sequencing reads (Oxford Nanopore and PacBio HIFI) дозволили прочитати довгі послідовності та “перестрибнути” через повтори та складні ділянки. Ще одною складовою успіху стало вдосконалення алгоритмів збірки геному основаних на string graphs (граф стрічок).

      ⌛️ Коли: завтра, 16.04.22, о 18:00 за Київським часом (або 11:00 за EDT часом)
      📍 Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/87909000046?pwd=ZWhCNzZxZm56SUlUKy85N21aUzVHUT09)