GENOMICS UA | Геноміка ЮА

Category: Заходи

  • Вебінар: Bioinformatics of small variant calling, annotation, and prioritization

    Вебінар: Bioinformatics of small variant calling, annotation, and prioritization

    Привіт, друзі. На цю суботу ми запланували вебінар з оглядом біоінформатики малих геномних варіантів.
    На зустрічі розглянемо процеси визначення, анотації, та пріоритизації геномних варіантів.
    У якості типів даних будуть геноми, екзоми, панелі глибокого покриття, амплікони, секвенування із UMI та подвійні UMI.
    А ще поговоримо про безліч інструментів:

    • пайплайни: GATK, Dragen, bcbio,Terra;
    • анотація: snpEff, VEP, OpenCravat, vcfanno;
    • пріоритизація: gemini, R/tidyverse, excel, oncoprints, SolveBio, cBioPortal;

    Лектор: Сергій Науменко
    Де: онлайн (посилання на Zoom (https://us02web.zoom.us/j/88981733385?pwd=cjN5TnB2QlVleHkvNlp2OFc3a3ZHQT09))
    Коли: 14 травня 2022, 17:00 (Київ) / 10:00 (Бостон)

    подивитися запис
  • T2T-CHM13 human genome assembly

    T2T-CHM13 human genome assembly

    👋 Привіт, Геноміко!

    🧬 Наш новий учасник спільноти, Сергій Науменко (https://bioinformatics.bwh.harvard.edu/staff-member/sergey-naumenko-phd/) (PhD, Research Associate з Harvard T.H. Chan School of Public Health), запропонував зустрітися та оговорити дві статті:

    1. Про нову збірку геному людини (https://www.science.org/doi/pdf/10.1126/science.abj6987);
    2. Та про те, як вона впливає на аналіз мінливостей (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl3533).

    ✍️ Попри те, що геном людини був прочитаний ще у 2001 році й ця послідовність вдосконалювалась та використовувалась у всіх популяційних та генетико-медичних проєктах, він був фрагментований (майже 1000 контігів), та на 8% не закінчений (невідомі послідовності у subtelomeric and pericentromeric regions, недавні сегментні дуплікації, rDNA та ін.). Лише останніми роками технології ultralong sequencing reads (Oxford Nanopore and PacBio HIFI) дозволили прочитати довгі послідовності та “перестрибнути” через повтори та складні ділянки. Ще одною складовою успіху стало вдосконалення алгоритмів збірки геному основаних на string graphs (граф стрічок).

    ⌛️ Коли: завтра, 16.04.22, о 18:00 за Київським часом (або 11:00 за EDT часом)
    📍 Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/87909000046?pwd=ZWhCNzZxZm56SUlUKy85N21aUzVHUT09)

    подивитися запис
  • Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    ✌️Усім привіт!

    🙃Ми дуже давно з вами не бачилися й, чесно кажучи, дуже за вами скучили!
    Однак, є чудовий привід виправити це, а заодно й поговорити про статистичне моделювання клітинної диференціації.
    🧑‍💻На лекції ми розглянемо теоретичні основи різних методи сатистичного моделювання та покажемо приклад на мовах програмування R і Python.

    🇬🇧Мова події: англійська
    🧑‍🏫Лектори: Валерія Васильєва та Ігор Ареф’єв
    📅Коли: 20.11.2021 19:00 (Київ)
    📍Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82407615516?pwd=U1BUSzNpT2RldC91dm1GNmw3c0trdz09)
    📌Подія у Facebook: https://fb.me/e/1EMzbgQHQ

    подивитися запис
  • Візуалізація даних

    Візуалізація даних

    Всім привіт✌️
    У нас тут знову намічається зустріч!

    💻 Запрошуємо усіх на вебінар, де ми обговоримо теорію статичної візуалізації даних та розглянемо практичні приклади на мовах програмування R та Python.

    📝 План заходу:
    1. Теорія та практика;
    2. Бібліотеки Python: matplotlib та seaborn;
    3. Бібліотека R: ggplot2.

    🧑‍🏫 Лектори:
    Марина Коршевнюк — PhD candidate, University Medical Center Groningen.
    Дмитро Казанжи — Data analyst, National Health Service of Ukraine.
    Олександр Петренко — PhD Student, Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases.

    📅 Коли: 22 липня 2021, 19:00 (Київ)

    🌎Де: Zoom
    (https://us02web.zoom.us/j/82769997848?pwd=ZkdhUEtBQzB3M3puVlhHcHBBTFdGQT09)

    🗓Додати до календаря: https://calendar.google.com/event?action=TEMPLATE&tmeid=MGo3ZWFndXNodWw5YjRpbGtxMjVkZ3Njam0gZ2Vub21pY3N1YS5vcmdAbQ&tmsrc=genomicsua.org%40gmail.com

    подивитися запис

  • Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.
    Лекція буде присвячена еволюційній біології, а саме взаємодії навколишнього середовища та організму.
    ❓Як живі організми стали такими, якими ми їх знаємо сьогодні?
    ❓Як функції та фенотипи змінюються з часом?
    ❓Як зміни генотипу впливають на пристосованість?
    ❓Як у всьому Цьому допомагає обчислювальна біологія?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.
    👨‍🏫 Лектор: професор Федір Кондрашов, IST Austria.
    📅 Дата: 28.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення (https://us02web.zoom.us/j/88498182724?pwd=bTFnaWJNejZkemNLbnR0aXQrYkpwQT09):
    Лекція буде проводитися російською мовою і, за необхідності, організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    подивитися запис

  • Training course in single-cell biology

    Training course in single-cell biology

    Single-cell analysis is an extremely powerful tool to discover biological processes due to its high resolution and wide range of possibilities. So we decided to organize a short but in-depth course in this field. We would like to invite you to our practical course in single-cell biology to become familiar with core single-cell analysis methods.
    This course is a series of online events that highlight the theoretical basics of single-cell analysis. The program covers sample preparation, data processing, and workshops on different pipelines, including scRNAseq, scATACseq, TCR/BCR sequencing, CITEseq, and much more.

    Meeting days are:

    • Sunday, 4.04.2021
    • Monday, 5.04.2021
    • Wednesday, 7.04.2021
    • Friday, 9.04.2021
    • Saturday, 10.04.2021

    Each meeting starts at 18.00 CET and will take approximately 2-3 hours. The format of the event is Zoom-meeting with breakout-rooms if needed. All participants will be supplied with individual tasks, study materials, and instructions for hands-on sessions.

    Speakers:

    • Vladyslav Kavaka, MD candidate, LMU Munich
    • Maryna Korshevniuk, PhD Candidate, UMCG
    • Oleksandr Petrenko, Predoctoral Fellow, LBI-RUD / CeMM
    • Yuliya Syntikova, PhD, LifeMine Therapeutics

    Requirements:

    • Basic knowledge in cell and molecular biology;
    • Basic skills in R programming language;
    • No prior knowledge of single-cell analysis is required.

    Language: English

    Registration:
    To register for the course in single-cell biology, please complete the following form: https://forms.gle/H3zXb1ofaSvZ3bKg8
    The deadline for registration is 31.03.2021.
    Detailed programs will be announced one week before the event. All participants will receive the mail with further instructions and study materials.

    подивитися запис
  • Genome diversity in Ukraine

    Genome diversity in Ukraine

    На зустрічі клубу ми обговоримо статтю: Genome diversity in Ukraine (https://www.biorxiv.org/…/10.1101/2020.08.07.238329v3.full, https://academic.oup.com/gig…/article/10/1/giaa159/6079618)

    Коли: 13 лютого 2021 о 20:00 (київський час)
    Де: Zoom, (трансляція на YouTube-каналі)
    Zoom: https://us02web.zoom.us/j/89203507486…
    YouTube: https://youtu.be/LW6io55loaw

    План події:
    Огляд статті – 40 хв (Валерій Покритюк, доповідач, SteelKiwi)
    Технічні коментарі – 5-10 хв (Вальтер Вольфсбергер, Bioinformatician, Oakland University)
    Завершальне слово – 5-10 хв (Тарас Олексик, PI, Oakland University)
    Питання-відповіді – 20 хв (усі учасники)
    Неформальне спілкування – 20-30 хв (усі учасники)

    Biomedical Journal Club – це проєкт громадської організації “Геноміка ЮА”. Під час журнального клубу один учасник доповідає про обрану наукову статтю, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації ми переходимо до неформального спілкування.
    Щоб бути в курсі всіх наших подій, забудьте підписатися на нашу сторінку Facebook (fb.me/GenomicsUA) та YouTube-канал (youtube.com/ngoGenomicsUA)

    * Що таке журнальний клуб?
    — Це формат, який працює в багатьох інститутах та лабораторіях по всьому світу: доповідач презентує статтю та додаткову інформацію, необхідну для її розуміння, аналізує експериментальну частину, переваги та недоліки. Після цього учасники зустрічі оговорюють статтю. Узагалі, це гарний спосіб навчитися новому, дізнатися про інші напрями, познайомитися з новими людьми.

    * Як мені підготуватися для зустрічі?
    — Дуже рекомендується прочитати саму статтю та подивитися ілюстрації. Це допоможе визначити запитання та теми для дискусії. Якщо тема для вас є новою чи складною, рекомендовано ознайомитися з базовими поняттями. Якщо вам потрібна рекомендація, що прочитати на певну тему, запитайте в нас!

    * Як мені приєднатися та ставити запитання?
    — Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), завантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події. Якщо є змога, приєднуйтеся з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо у вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх у чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитеся нас на YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.

    * Мені сподобалося / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
    — Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.

    подивитися запис
  • Нетворкінг з NextStep Science

    Нетворкінг з NextStep Science

    Запрошуємо всіх бажаючих до нетворкінгу з учасниками NextStep Science (http://nextstepscience.org/) — громадської організації, що організовує нетворкінг-івенти та кар’єрні заходи для студентів і випускників природничих наук.

    Ми почнемо з невеличкого “квізу” на платформі Sli.do, щоб зрозуміти чим хто займається та які теми цікавлять аудиторію події.
    Потім в ми розділимось на кімнати по 2-3 людини, де у кожного буде 5 хвилин на те щоб поспілкуватись і познайомитися один з одним. Ця процедура буде повторена тричі.
    Після цього ми розділимось на ~2 окремі кімнати, де будемо обговорювати наперед підготовлену організаторами тему.
    А наприкінці події кожен зможе поспілкуватись один з одним в окремих кімнатах.


    👨‍🔬👩‍🔬Це чудова нагода познайомитись із новими людьми, які так само захоплені наукою та технологіями.
    🇬🇧🖖Офіційні мови спілкування: англійська та клінгонська.
    🌎Де: Zoom
    (https://zoom.us/j/94145503186)📅Коли: 7 лютого 2021 о 19:00 (UTC+02)
    Щоб отримати турботливе нагадування, ось подія в ФБ (https://fb.me/e/USSZA6fv).

  • Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.

    Кожен новонароджений має близько ста нових мутацій, з яких приблизно десять — шкідливі.
    ❓Наскільки пристосованість людини через це знижена?
    ❓Чи слід чекати накопичення шкідливих алелів у популяціях, що живуть у шкідливих умовах?
    ❓Чи буде користь від редагування генотипів?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.

    👨‍🏫 Лектор: професор Олексій Кондрашов, Університет Мічигану, США.
    📅 Дата: 11.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення доступні після реєстрації: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZ0kcOmvrz0jG9cww20ZCFtkkCALpKwfTWtT
    Лекція читатиметься російською мовою, та за необхідності організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    Зображення заходу використовує знімок Кліффа з Арлінгтона, штат Вірджинія, США, опублікований під ліцензією Creative Commons Attribution 2.0 Generic (https://www.flickr.com/people/28567825@N03).

    подивитися запис
  • Введення в диференційну експресію генів

    Введення в диференційну експресію генів

    Біоінформатика існує, щоб знаходити відповіді на біологічні питання, котрі неможливо розв’язати лабораторними методами. Одне з таких питань — точне визначення фенотипових різниць у біологічних зразках. Як виокремити пацієнтів, котрим допоможуть нові ліки? Як клітини реагують на подразник або на гормон? Які метаболічні шляхи активуються при загоєнні ран?

    Відповідями на ці питання займається транскриптоміка та її базові методи: Differential Gene Expression та Gene Set Enrichment Analysis. Цими методами ми можемо отримати різницю між обраними фенотипами за результатами їх РНК-секвенування. На лекції ви зможете більше дізнатися про те, як правильно аналізувати дані генної експресії для визначення диференційної експресії.

    Лектор: Олександр Шинкаренко, співзасновник HTuO Biosciences, співзасновник Genomics UA.
    Дата: 26.12.2020
    Час: 20:00 (по Києву)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/83799185308?pwd=RDVYekcyK1paZUpkTkpMRVlqc29odz09)

    подивитися запис