Category: Архів

  • Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    Лекція: Statistical mechanics models for cell differentiation

    ✌️Усім привіт!

    🙃Ми дуже давно з вами не бачилися й, чесно кажучи, дуже за вами скучили!
    Однак, є чудовий привід виправити це, а заодно й поговорити про статистичне моделювання клітинної диференціації.
    🧑‍💻На лекції ми розглянемо теоретичні основи різних методи сатистичного моделювання та покажемо приклад на мовах програмування R і Python.

    🇬🇧Мова події: англійська
    🧑‍🏫Лектори: Валерія Васильєва та Ігор Ареф’єв
    📅Коли: 20.11.2021 19:00 (Київ)
    📍Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/82407615516?pwd=U1BUSzNpT2RldC91dm1GNmw3c0trdz09)
    📌Подія у Facebook: https://fb.me/e/1EMzbgQHQ

  • Візуалізація даних

    Візуалізація даних

    Всім привіт✌️
    У нас тут знову намічається зустріч!

    💻 Запрошуємо усіх на вебінар, де ми обговоримо теорію статичної візуалізації даних та розглянемо практичні приклади на мовах програмування R та Python.

    📝 План заходу:
    1. Теорія та практика;
    2. Бібліотеки Python: matplotlib та seaborn;
    3. Бібліотека R: ggplot2.

    🧑‍🏫 Лектори:
    Марина Коршевнюк — PhD candidate, University Medical Center Groningen.
    Дмитро Казанжи — Data analyst, National Health Service of Ukraine.
    Олександр Петренко — PhD Student, Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases.

    📅 Коли: 22 липня 2021, 19:00 (Київ)

    🌎Де: Zoom
    (https://us02web.zoom.us/j/82769997848?pwd=ZkdhUEtBQzB3M3puVlhHcHBBTFdGQT09)

    🗓Додати до календаряhttps://calendar.google.com/event?action=TEMPLATE&tmeid=MGo3ZWFndXNodWw5YjRpbGtxMjVkZ3Njam0gZ2Vub21pY3N1YS5vcmdAbQ&tmsrc=genomicsua.org%40gmail.com

  • Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.
    Лекція буде присвячена еволюційній біології, а саме взаємодії навколишнього середовища та організму.
    ❓Як живі організми стали такими, якими ми їх знаємо сьогодні?
    ❓Як функції та фенотипи змінюються з часом?
    ❓Як зміни генотипу впливають на пристосованість?
    ❓Як у всьому Цьому допомагає обчислювальна біологія?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.
    👨‍🏫 Лектор: професор Федір Кондрашов, IST Austria.
    📅 Дата: 28.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення (https://us02web.zoom.us/j/88498182724?pwd=bTFnaWJNejZkemNLbnR0aXQrYkpwQT09):
    Лекція буде проводитися російською мовою і, за необхідності, організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

  • Training course in single-cell biology

    Training course in single-cell biology

    Single-cell analysis is an extremely powerful tool to discover biological processes due to its high resolution and wide range of possibilities. So we decided to organize a short but in-depth course in this field. We would like to invite you to our practical course in single-cell biology to become familiar with core single-cell analysis methods.
    This course is a series of online events that highlight the theoretical basics of single-cell analysis. The program covers sample preparation, data processing, and workshops on different pipelines, including scRNAseq, scATACseq, TCR/BCR sequencing, CITEseq, and much more.

    Meeting days are:

    • Sunday, 4.04.2021
    • Monday, 5.04.2021
    • Wednesday, 7.04.2021
    • Friday, 9.04.2021
    • Saturday, 10.04.2021

    Each meeting starts at 18.00 CET and will take approximately 2-3 hours. The format of the event is Zoom-meeting with breakout-rooms if needed. All participants will be supplied with individual tasks, study materials, and instructions for hands-on sessions.

    Speakers:

    • Vladyslav Kavaka, MD candidate, LMU Munich
    • Maryna Korshevniuk, PhD Candidate, UMCG
    • Oleksandr Petrenko, Predoctoral Fellow, LBI-RUD / CeMM
    • Yuliya Syntikova, PhD, LifeMine Therapeutics

    Requirements:

    • Basic knowledge in cell and molecular biology;
    • Basic skills in R programming language;
    • No prior knowledge of single-cell analysis is required.

    Language: English

    Registration:
    To register for the course in single-cell biology, please complete the following form: https://forms.gle/H3zXb1ofaSvZ3bKg8
    The deadline for registration is 31.03.2021.
    Detailed programs will be announced one week before the event. All participants will receive the mail with further instructions and study materials.

  • Genome diversity in Ukraine

    Genome diversity in Ukraine

    На зустрічі клубу ми обговоримо статтю: Genome diversity in Ukraine (https://www.biorxiv.org/…/10.1101/2020.08.07.238329v3.fullhttps://academic.oup.com/gig…/article/10/1/giaa159/6079618)

    Коли: 13 лютого 2021 о 20:00 (київський час)
    Де: Zoom, (трансляція на YouTube-каналі)
    Zoom: https://us02web.zoom.us/j/89203507486…
    YouTube: https://youtu.be/LW6io55loaw

    План події:
    Огляд статті – 40 хв (Валерій Покритюк, доповідач, SteelKiwi)
    Технічні коментарі – 5-10 хв (Вальтер Вольфсбергер, Bioinformatician, Oakland University)
    Завершальне слово – 5-10 хв (Тарас Олексик, PI, Oakland University)
    Питання-відповіді – 20 хв (усі учасники)
    Неформальне спілкування – 20-30 хв (усі учасники)

    Biomedical Journal Club – це проєкт громадської організації “Геноміка ЮА”. Під час журнального клубу один учасник доповідає про обрану наукову статтю, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації ми переходимо до неформального спілкування.
    Щоб бути в курсі всіх наших подій, забудьте підписатися на нашу сторінку Facebook (fb.me/GenomicsUA) та YouTube-канал (youtube.com/ngoGenomicsUA)

    * Що таке журнальний клуб?
    — Це формат, який працює в багатьох інститутах та лабораторіях по всьому світу: доповідач презентує статтю та додаткову інформацію, необхідну для її розуміння, аналізує експериментальну частину, переваги та недоліки. Після цього учасники зустрічі оговорюють статтю. Узагалі, це гарний спосіб навчитися новому, дізнатися про інші напрями, познайомитися з новими людьми.

    * Як мені підготуватися для зустрічі?
    — Дуже рекомендується прочитати саму статтю та подивитися ілюстрації. Це допоможе визначити запитання та теми для дискусії. Якщо тема для вас є новою чи складною, рекомендовано ознайомитися з базовими поняттями. Якщо вам потрібна рекомендація, що прочитати на певну тему, запитайте в нас!

    * Як мені приєднатися та ставити запитання?
    — Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), завантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події. Якщо є змога, приєднуйтеся з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо у вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх у чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитеся нас на YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.

    * Мені сподобалося / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
    — Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.

  • Нетворкінг з NextStep Science

    Нетворкінг з NextStep Science

    Запрошуємо всіх бажаючих до нетворкінгу з учасниками NextStep Science (http://nextstepscience.org/) — громадської організації, що організовує нетворкінг-івенти та кар’єрні заходи для студентів і випускників природничих наук.

    Ми почнемо з невеличкого “квізу” на платформі Sli.do, щоб зрозуміти чим хто займається та які теми цікавлять аудиторію події.
    Потім в ми розділимось на кімнати по 2-3 людини, де у кожного буде 5 хвилин на те щоб поспілкуватись і познайомитися один з одним. Ця процедура буде повторена тричі.
    Після цього ми розділимось на ~2 окремі кімнати, де будемо обговорювати наперед підготовлену організаторами тему.
    А наприкінці події кожен зможе поспілкуватись один з одним в окремих кімнатах.


    👨‍🔬👩‍🔬Це чудова нагода познайомитись із новими людьми, які так само захоплені наукою та технологіями.
    🇬🇧🖖Офіційні мови спілкування: англійська та клінгонська.
    🌎Де: Zoom
    (https://zoom.us/j/94145503186)📅Коли: 7 лютого 2021 о 19:00 (UTC+02)
    Щоб отримати турботливе нагадування, ось подія в ФБ (https://fb.me/e/USSZA6fv).

  • Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.

    Кожен новонароджений має близько ста нових мутацій, з яких приблизно десять — шкідливі.
    ❓Наскільки пристосованість людини через це знижена?
    ❓Чи слід чекати накопичення шкідливих алелів у популяціях, що живуть у шкідливих умовах?
    ❓Чи буде користь від редагування генотипів?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.

    👨‍🏫 Лектор: професор Олексій Кондрашов, Університет Мічигану, США.
    📅 Дата: 11.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення доступні після реєстрації: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZ0kcOmvrz0jG9cww20ZCFtkkCALpKwfTWtT
    Лекція читатиметься російською мовою, та за необхідності організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    Зображення заходу використовує знімок Кліффа з Арлінгтона, штат Вірджинія, США, опублікований під ліцензією Creative Commons Attribution 2.0 Generic (https://www.flickr.com/people/28567825@N03).

  • Введення в диференційну експресію генів

    Введення в диференційну експресію генів

    Біоінформатика існує, щоб знаходити відповіді на біологічні питання, котрі неможливо розв’язати лабораторними методами. Одне з таких питань — точне визначення фенотипових різниць у біологічних зразках. Як виокремити пацієнтів, котрим допоможуть нові ліки? Як клітини реагують на подразник або на гормон? Які метаболічні шляхи активуються при загоєнні ран?

    Відповідями на ці питання займається транскриптоміка та її базові методи: Differential Gene Expression та Gene Set Enrichment Analysis. Цими методами ми можемо отримати різницю між обраними фенотипами за результатами їх РНК-секвенування. На лекції ви зможете більше дізнатися про те, як правильно аналізувати дані генної експресії для визначення диференційної експресії.

    Лектор: Олександр Шинкаренко, співзасновник HTuO Biosciences, співзасновник Genomics UA.
    Дата: 26.12.2020
    Час: 20:00 (по Києву)
    Де: Zoom (https://us02web.zoom.us/j/83799185308?pwd=RDVYekcyK1paZUpkTkpMRVlqc29odz09)

  • To understand complex life science and medical-related concepts through visualization

    To understand complex life science and medical-related concepts through visualization

    Ось і настали часи, коли шляхи мистецтва та науки перетнулися!

    Nanobot Medical Animation Inc. — це компанія, що розробляє мультімедіа для візуалізації складних біологічних процесів. Nanobot Medical працюють у напрямках 3D анімації, ілюстрацій, доповненої та віртуальної реальності. Їх продукт затребуваний для освітніх програм і реклами у фармацевтичній, біотехнологічній галузях та в індустрії медичних пристроїв.

    Наш гість: Андрій Конюх, CEO Nanobot Medical

    Розповідатиме про принципи роботи в галузі біомед анімації, чого можна досягнути на міжнародному рівні на прикладі Студії, та що робити тому, хто хоче спробувати себе як біомед-художника.

    Коли: 1 липня, 19:00
    Ви можете поспілкуватися безпосередньо із гостем у
    Zoom https://us02web.zoom.us/j/8511143843?pwd=dk5ubkx6Z001US9JV281ZWtCSXFjdz09
    Ідентифікатор: 851 114 3843
    Пароль: 7AEZ7K
    або задати питанні в чаті на трансляції YouTube
    https://www.youtube.com/watch?v=94fQbOT5gyw&feature=youtu.be

    Зображення взяті з https://nanobotmedical.com/

  • Lecture: From patients to genetics – paralyzing struggles of translating ALS by Sophie Imhof

    Lecture: From patients to genetics – paralyzing struggles of translating ALS by Sophie Imhof

    The topic of the lecture: From patients to genetics – paralyzing struggles of translating ALS
    Speaker: Sophie Imhof, PhD Student at the Medical University of Vienna, Department of Neurology, author of a blog for science communication: https://www.instagram.com/sophie_imhof/
    When: 05.06.2020 at 18:00 (Vienna time) | 19:00 (Kyiv time).
    Where: Online. We invite you to connect via Zoom to participate in the discussion after the lecture, or to join the YouTube translation. The access links will be provided after free registration: https://www.eventbrite.com/e/105936210056

    Open lectures of the NGO “Genomics UA” ​​is a non-formal education format in which invited experts talk about their projects or research field. After a presentation, we organize a Q&A session with the speaker and provide an opportunity for informal communication and networking.

    Amyotrophic lateral sclerosis is a fast progressing and lethal neurodegenerative disease that predominantly affects the upper and lower motor neurons. To this point, there is no cure for this pathology and patients have a life expectancy of 3 months to 5 years. Only 10% of cases are due to genetic and hereditary reasons (familial ALS), leaving 90% of patients in the dark of the underlying mechanism of their pathology (sporadic ALS). Only two FDA approved compounds, Riluzole, which prolongs life for up to 3 months, and Edaravone, which was shown to slow down disease progression, are used to treat ALS patients, however, they remain drugs of low efficiency. Out of this reason, researchers worldwide are establishing models and using state-of-the-art technology to investigate this disease. Although our community of ALS scientists and clinicians is eager to beat this pathology, we face many obstacles in the form of patient heterogeneity, different molecular phenotypes, and technical limitations. To overcome these burdens, I believe we need to change our mindset and perspective on this disease and step one step back to discover novel niches of research. Patient cohorts, genetics, iPSCs, stem cell therapy, vitamin supplements – what do we actually know about this disease and how can we pave a new path for effective treatment?

    Additional information:
    – How can I join and ask questions?
    – You need to register on zoom.com (it’s free), download the program, go to the link provided in the event announcement, and enter the password. Or just enter the meeting ID and password if you have already installed and opened the program. If possible, join our meetings with a turned-on camera, it helps to create a presence effect for more informal communication. Participants usually turn off the microphone while someone else is talking. If you have questions before the end, feel free to send them to the chat. If you can not join us via Zoom, there is an alternative to join through the YouTube stream. If you watch us on YouTube, you can ask questions in the chat and our moderators will check them.

    – I liked the event / I have more questions / I want to be in touch with you.
    – First of all, thank you for your interest! We have put together a biomedical community in Telegram and you are invited to join. Go to the channel https://t.me/GenomicsUA, subscribe, and in the description, you will find a link to the chat. If you are not a Telegram user, feel free to drop your question to i@genomics.org.ua, or to our Facebook page.

    Don’t forget to subscribe to our Facebook page:
    https://www.facebook.com/GenomicsUA
    To our YouTube channel:
    https://www.youtube.com/ngogenomicsua
    And to the local representative office of the organization:
    Kyiv: https://www.facebook.com/kyivbioinformatics/
    Odesa: https://www.facebook.com/odesabioinformatics/
    If you have any questions, please contact us in any of these ways.

    Приємного перегляду!