GENOMICS UA | Геноміка ЮА

Author: Team Genomics

  • Геноміка ЮА на Школі успіху

    Геноміка ЮА на Школі успіху

    Друзі, а знаєте, що ми робимо? Ми з радістю анонсуємо, що команда Геноміки приєдналася до ініціативи “Школа успіху. Костянтинівка”!🥳

    🧬 Цей проєкт пропонує діалог між учнями шкіл і фахівцями з біології та пов’язаних з нею напрямів. У “Школі” ви зустрінете трьох учасників нашої команди:
    📍 Валерія розповість про досвід навчання на біологічній спеціальності в Україні;
    📍 Владислав поділиться досвідом застосування біоінформатики в наукових біомедичних проєктах;
    📍 Юлія поділиться досвідом кар’єри в біології та біоінформатиці у США та Європі.

    📣 Ми будемо дуже вдячні, якщо ви допоможете популяризувати цей захід. Для цього запросіть на заходи “Школи” знайомих учнів, які планують будувати кар’єру в біомедичних напрямках. А якщо ви самі маєте якісь питання на цьому етапі, то надішліть їх нам і ми спробуємо їх обговорити.

    🔎 Деталі онлайн-заходу та реєстрація за посиланням:
    https://www.facebook.com/events/1032688914205020.

  • Візуалізація даних

    Візуалізація даних

    Всім привіт✌️
    У нас тут знову намічається зустріч!

    💻 Запрошуємо усіх на вебінар, де ми обговоримо теорію статичної візуалізації даних та розглянемо практичні приклади на мовах програмування R та Python.

    📝 План заходу:
    1. Теорія та практика;
    2. Бібліотеки Python: matplotlib та seaborn;
    3. Бібліотека R: ggplot2.

    🧑‍🏫 Лектори:
    Марина Коршевнюк — PhD candidate, University Medical Center Groningen.
    Дмитро Казанжи — Data analyst, National Health Service of Ukraine.
    Олександр Петренко — PhD Student, Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases.

    📅 Коли: 22 липня 2021, 19:00 (Київ)

    🌎Де: Zoom
    (https://us02web.zoom.us/j/82769997848?pwd=ZkdhUEtBQzB3M3puVlhHcHBBTFdGQT09)

    🗓Додати до календаря: https://calendar.google.com/event?action=TEMPLATE&tmeid=MGo3ZWFndXNodWw5YjRpbGtxMjVkZ3Njam0gZ2Vub21pY3N1YS5vcmdAbQ&tmsrc=genomicsua.org%40gmail.com

    подивитися запис

  • Дорожня карта у біоінформатиці

    Дорожня карта у біоінформатиці

    З чого почати вивчення біоінформатики?

    Аби допомогти початківцям та студентам розпочати вивчення біоінформатики, ми узагальнили наш досвід та рекомендації у Roadmap до біоінформатики. Тут ви можете вибрати будь-який шлях та розпочати вивчати основні теми, необхідні для успіху в аналізі біологічних даних.

    Якщо ви хочете адаптувати для себе цей постер, сміливо копіюйте та редагуйте його версію draw.io.

    А якщо ви досвідчений біоінформатик, ми будемо надзвичайно раді вашому внеску у вдосконалення та завершення цієї візуалізації!

    Bioinformatics roadmapDownload
  • Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Лекція “Адаптивний ландшафт”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.
    Лекція буде присвячена еволюційній біології, а саме взаємодії навколишнього середовища та організму.
    ❓Як живі організми стали такими, якими ми їх знаємо сьогодні?
    ❓Як функції та фенотипи змінюються з часом?
    ❓Як зміни генотипу впливають на пристосованість?
    ❓Як у всьому Цьому допомагає обчислювальна біологія?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.
    👨‍🏫 Лектор: професор Федір Кондрашов, IST Austria.
    📅 Дата: 28.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення (https://us02web.zoom.us/j/88498182724?pwd=bTFnaWJNejZkemNLbnR0aXQrYkpwQT09):
    Лекція буде проводитися російською мовою і, за необхідності, організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    подивитися запис

  • Training course in single-cell biology

    Training course in single-cell biology

    Single-cell analysis is an extremely powerful tool to discover biological processes due to its high resolution and wide range of possibilities. So we decided to organize a short but in-depth course in this field. We would like to invite you to our practical course in single-cell biology to become familiar with core single-cell analysis methods.
    This course is a series of online events that highlight the theoretical basics of single-cell analysis. The program covers sample preparation, data processing, and workshops on different pipelines, including scRNAseq, scATACseq, TCR/BCR sequencing, CITEseq, and much more.

    Meeting days are:

    • Sunday, 4.04.2021
    • Monday, 5.04.2021
    • Wednesday, 7.04.2021
    • Friday, 9.04.2021
    • Saturday, 10.04.2021

    Each meeting starts at 18.00 CET and will take approximately 2-3 hours. The format of the event is Zoom-meeting with breakout-rooms if needed. All participants will be supplied with individual tasks, study materials, and instructions for hands-on sessions.

    Speakers:

    • Vladyslav Kavaka, MD candidate, LMU Munich
    • Maryna Korshevniuk, PhD Candidate, UMCG
    • Oleksandr Petrenko, Predoctoral Fellow, LBI-RUD / CeMM
    • Yuliya Syntikova, PhD, LifeMine Therapeutics

    Requirements:

    • Basic knowledge in cell and molecular biology;
    • Basic skills in R programming language;
    • No prior knowledge of single-cell analysis is required.

    Language: English

    Registration:
    To register for the course in single-cell biology, please complete the following form: https://forms.gle/H3zXb1ofaSvZ3bKg8
    The deadline for registration is 31.03.2021.
    Detailed programs will be announced one week before the event. All participants will receive the mail with further instructions and study materials.

    подивитися запис
  • Genome diversity in Ukraine

    Genome diversity in Ukraine

    На зустрічі клубу ми обговоримо статтю: Genome diversity in Ukraine (https://www.biorxiv.org/…/10.1101/2020.08.07.238329v3.full, https://academic.oup.com/gig…/article/10/1/giaa159/6079618)

    Коли: 13 лютого 2021 о 20:00 (київський час)
    Де: Zoom, (трансляція на YouTube-каналі)
    Zoom: https://us02web.zoom.us/j/89203507486…
    YouTube: https://youtu.be/LW6io55loaw

    План події:
    Огляд статті – 40 хв (Валерій Покритюк, доповідач, SteelKiwi)
    Технічні коментарі – 5-10 хв (Вальтер Вольфсбергер, Bioinformatician, Oakland University)
    Завершальне слово – 5-10 хв (Тарас Олексик, PI, Oakland University)
    Питання-відповіді – 20 хв (усі учасники)
    Неформальне спілкування – 20-30 хв (усі учасники)

    Biomedical Journal Club – це проєкт громадської організації “Геноміка ЮА”. Під час журнального клубу один учасник доповідає про обрану наукову статтю, а слухачі можуть ставити запитання. Після презентації ми переходимо до неформального спілкування.
    Щоб бути в курсі всіх наших подій, забудьте підписатися на нашу сторінку Facebook (fb.me/GenomicsUA) та YouTube-канал (youtube.com/ngoGenomicsUA)

    * Що таке журнальний клуб?
    — Це формат, який працює в багатьох інститутах та лабораторіях по всьому світу: доповідач презентує статтю та додаткову інформацію, необхідну для її розуміння, аналізує експериментальну частину, переваги та недоліки. Після цього учасники зустрічі оговорюють статтю. Узагалі, це гарний спосіб навчитися новому, дізнатися про інші напрями, познайомитися з новими людьми.

    * Як мені підготуватися для зустрічі?
    — Дуже рекомендується прочитати саму статтю та подивитися ілюстрації. Це допоможе визначити запитання та теми для дискусії. Якщо тема для вас є новою чи складною, рекомендовано ознайомитися з базовими поняттями. Якщо вам потрібна рекомендація, що прочитати на певну тему, запитайте в нас!

    * Як мені приєднатися та ставити запитання?
    — Вам потрібно зареєструватися на zoom.com (це безкоштовно), завантажити програму, перейти по посиланню, яке надане в анонсі події. Якщо є змога, приєднуйтеся з веб-камерою, це допомагає створити ефект присутності задля більш неформального спілкування. Зазвичай учасники виключають мікрофон (“mute”), доки спілкується хтось інший. Якщо у вас виникли запитання до завершення доповіді, ви можете надіслати їх у чат, чи запитати через мікрофон. Якщо ви дивитеся нас на YouTube, ви можете залишати запитання в чаті трансляції.

    * Мені сподобалося / є запитання / хочу бути на зв’язку з вами.
    — Перш за все, дякуємо за вашу зацікавленість! Ми зібрали біомедичну спільноту в Telegram і ви можете приєднатися. Перейдіть на канал https://t.me/GenomicsUA, підпишіться і в описі ви знайдете посилання на чат.

    подивитися запис
  • Нетворкінг з NextStep Science

    Нетворкінг з NextStep Science

    Запрошуємо всіх бажаючих до нетворкінгу з учасниками NextStep Science (http://nextstepscience.org/) — громадської організації, що організовує нетворкінг-івенти та кар’єрні заходи для студентів і випускників природничих наук.

    Ми почнемо з невеличкого “квізу” на платформі Sli.do, щоб зрозуміти чим хто займається та які теми цікавлять аудиторію події.
    Потім в ми розділимось на кімнати по 2-3 людини, де у кожного буде 5 хвилин на те щоб поспілкуватись і познайомитися один з одним. Ця процедура буде повторена тричі.
    Після цього ми розділимось на ~2 окремі кімнати, де будемо обговорювати наперед підготовлену організаторами тему.
    А наприкінці події кожен зможе поспілкуватись один з одним в окремих кімнатах.


    👨‍🔬👩‍🔬Це чудова нагода познайомитись із новими людьми, які так само захоплені наукою та технологіями.
    🇬🇧🖖Офіційні мови спілкування: англійська та клінгонська.
    🌎Де: Zoom
    (https://zoom.us/j/94145503186)📅Коли: 7 лютого 2021 о 19:00 (UTC+02)
    Щоб отримати турботливе нагадування, ось подія в ФБ (https://fb.me/e/USSZA6fv).

  • Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Лекція “Мутації у Homo Sapiens”

    Даний захід відбудеться завдяки організаційній підтримці Олени Мельник, учасниці спільноти “Геноміка ЮА”.

    Кожен новонароджений має близько ста нових мутацій, з яких приблизно десять — шкідливі.
    ❓Наскільки пристосованість людини через це знижена?
    ❓Чи слід чекати накопичення шкідливих алелів у популяціях, що живуть у шкідливих умовах?
    ❓Чи буде користь від редагування генотипів?
    Усі ці питання будуть розглянуті під час лекції.

    👨‍🏫 Лектор: професор Олексій Кондрашов, Університет Мічигану, США.
    📅 Дата: 11.01.2021, початок о 18:00 (київський час).
    🌎 Де: Zoom, дані для підключення доступні після реєстрації: https://us02web.zoom.us/meeting/register/tZ0kcOmvrz0jG9cww20ZCFtkkCALpKwfTWtT
    Лекція читатиметься російською мовою, та за необхідності організатори допоможуть з перекладом під час сесії «питання-відповідь».

    Зображення заходу використовує знімок Кліффа з Арлінгтона, штат Вірджинія, США, опублікований під ліцензією Creative Commons Attribution 2.0 Generic (https://www.flickr.com/people/28567825@N03).

    подивитися запис
  • Біоінформатика: з чого почати

    Біоінформатика: з чого почати

    Мабуть, кожному відомо, що в 21 сторіччі важливі відкриття відбуваються у дисциплінах, які є на межі двох, або більше наук. Прикладом такої є біоінформатика, де біологічні дані обробляються комп’ютерними алгоритмами і дають відповіді на загадки природи. У новачків, що зацікавились біоінформатикою, виникає питання: “А що треба знати, щоб стати біоінформатиком?”
    Саме тому ми вирішили зібрати курси та ресурси, які допоможуть вам на цьому шляху. Напевно, треба починати з розуміння роботи в операційних системах сімейства Linux та програмування на мові R, але не забувайте читати цікаві статті та пробувати використовувати на практиці отримані знання.

    Якщо ви рекомендуєте якийсь курс, напишіть t.me/kazanzhy або залиште коментар в Google-документі. Команда “Геноміка ЮА” буде дуже вдячна за допомогу. Щоб переглянути у більш зручному вигляді перейдіть за посиланням на Google-документ.

    https://docs.google.com/document/d/1XuSB8qApfOfb3625Lhg4C3TzCpsAWtoSwngypjIlYXU/edit?usp=sharing

  • Pandas та ML workshop

    Pandas та ML workshop

    У вересні відбулись два семінара по введенню в машинне навчання від Jenya Sidyakin та про основи бібліотеки Pandas від Dmytro Kazanzhy.