Практичний курс для початківців і тих, хто хоче структурувати навички з аналізу даних секвенування РНК
Інструктори курсу – дослідники з досвідом роботи в академії та індустрії. Під час п’ятьох тижнів учасники працюватимуть разом над проєктом, отримуватимуть інструктаж з кожної з тем. Під час останньої зустрічі відбудеться презентація результатів аналізу та зворотний зв’язок.
Програма курсу
Кожна зустріч починається о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12:00 (EST)
1. Введення в курс26.09 + 30.09
Інструктор: Сергій Науменко.
Огляд РНК-секвенування, планування експерименту, дизайн, сирі дані, отримання даних та метаданих, пакети R для роботи під час курсу, презентація даних та статті, над якими працюватимемо під час курсу.
2. Диференційна експресія03.10 + 07.10
Інструктор: Олександр Петренко.
Пре-процесінг, анотація генів, dimensionality reduction методами PCA та t-SNE, вибір тесту, трансформація, визначення порогів фільтрації, кластеринг.
3. Візуалізація даних
10.10 + 14.10
Інструктор: Олександр Шинкаренко.
Стандартні методи візуалізації та гарні практики: PCA/t-SNE, volcano plot, heatmap, Venn diagrams, upsetR plot, оформлення біоінформатичних репортів
4. Функціональний аналіз та мережі17.10 + 21.10
Інструктор: Олександр Петренко.
Збагачення наборів генів та аналіз сигнальних шляхів, ідентифікація факторів транскрипції, введення у біологічні мережі та їх аналіз, генно-регуляторні та мережі взаємодії між білками
5. Завершальна зустріч. Презентація проєктів
24.10 + 28.10
Інструктор: усі інструктори.
Презентація результатів аналізу учасниками, зворотній зв’язок, огляд просунутих методів: WGCNA/TMLE, деконволюція, майбутнє РНК-секвенування.
Беріть участь
Реквізити для добровільного внеску (сума буде переведена на рахунок БФ “Повернись живим” наприкінці курсу):
https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8
💳Номер картки банки
5375 4112 0832 6855
Запитання та відповіді
Q: Чому кожного тижня по дві зустрічі?
A: Перша зустріч кожного тижня буде містити короткий вступ у тему і практичну роботу, другий – лише практичну роботу.
Q: Скільки триватимуть зустрічі?
A: По дві години.
Q: Чи усі зареєстровані зможуть взяти участь?
A: Оскільки курс є практичним і потребує взаємодії з інструктором, ми розраховуємо, що зможемо працювати у Zoom-групі з 25-30 людьми. Ми будемо намагатися підібрати збалансовану групу за навичками, але більші шанси потрапити до неї буде в тих, хто зареєструється першими. Для решти учасників ми зробимо пряму трансляцію. Ми плануємо повідомити про підтвердження участі через Zoom за два тижні до початку.
Q: Чи буде сертифікат?
A: Після кожної зустрічі буде доступним тестування за темою. Складання тестування на 70%+ та виконаний аналіз будуть відзначені сертифікатом.
Q: Хто є цільовою аудиторією курсу? Чи не буде занадто складно?
A: Цільова аудиторія – початківці та люди з мінімальним досвідом в програмуванні, а також ті, хто хоче структурувати свої знання з секвенування РНК. Практична робота буде проводитися разом з інструктором, тож під час зустрічей буде надаватися допомога учасникам.
Q: Чи буде запис?
A: Так, підписуйтесь на наш ютуб-канал: youtube.com/@genomicsUA
Q: Якими програмами ми будемо користуватися?
A: Для роботи вам потрібні встановлені R, Rstudio (якщо ви просунутий користувач, то інша середа), оновлені до останніх версій.
Q: В мене нема/замало досвіду з R.
A: Відмічайте це у формі реєстрації. Якщо це буде популярним запитом, ми організуємо стислий вступ в R з усім, що необхідно для курсу, для наших учасників.
Q: Як відбуватиметься комунікація?
A: Через пошту, яку ви вкажете при реєстрації та чат у телеграмі. Підписуйтесь на наш канал: t.me/GenomicsUA та додавайтеся до чату (в описі каналу).
Q: Скільки коштує участь?
A: Ми не встановлюємо фіксованої ціни. Замість цього, ми приготували банку Монобанка, куди можна перевести пожертвування (одноразово або перед кожною зустріччю). Наприкінці курсу, зібрані кошти будуть переведені на рахунок БФ “Повернись живим”. Посилання на банку: https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8 . Номер картки банки: 5375 4112 0832 6855